除了對西藏的嚴密控制外，新疆當局加強對當地幹部進行政治紀律的檢查，中共新疆紀委查處反分裂中「政治紀律」案件。根據本臺駐上海特約記者曹國星報導指出：
中共新疆自治區紀委在近日公布的2009年工作總結中披露，在過去的一年，圍繞反分裂鬥爭和維護社會穩定工作，嚴格維護「黨的政治紀律」，2009年，全區各級紀檢監察機關共查處違反政治紀律案件32件，36人受到了黨紀政紀處分。
新疆當地的官方媒體「天山網」稱，此前，中共新疆紀委，修訂了《關於對共產黨員、黨組織在反分裂鬥爭中違反黨的政治紀律行為的處分規定》，把黨員幹部在「反分裂鬥爭」中的現實表現作為監督的重點。
「7·5」事件後，自治區紀委調整了工作重心，把維護和保持社會大局穩定作為最重要最緊迫的任務，要求各級黨組織和各族黨員統一思想，履行職責，確保社會穩定。新疆自治區紀委下發《關於嚴格執行政治紀律，堅決維護社會大局穩定的緊急通知》，要求「落實維護穩定工作責任制，管好自己的人，辦好自己的事，強化各項防範措施。」
2009全年，新疆全區各級紀檢監察機關共查處違反「政治紀律」案件32件，36人受到了黨紀政紀處分。這份總結沒有披露所謂「違反政治紀律」案件中，具體的案情經過以及涉及的黨員的民族背景。而「7·5」後，新疆紀委通過實地查訪、電話督察、突擊檢查等方式，開展督察3200餘次，對在「維穩」、「反分裂」中「行動遲緩、措施不力，或者擅自脫崗、失職瀆職」等人員，通過「誡勉談話、通報批評、組織處理和黨紀政紀處分」等形式進行追究。
新疆紀委還透露，2009年12月，自治區紀委與自治區黨委組織部聯合下發通知，要求縣處級以上黨員領導幹部以「維護民族團結、維護社會穩定」為主題召開專題會，各基層黨組織召開專題組織生活會，以「統一對當前新疆形勢和新疆工作的認識」。
據現行《中國共產黨紀律處分條例》規定了11種中共黨員違反政治紀律的情形，除規定對「組織、參加反對黨集會、遊行、示威等活動的」；「堅持資產階級自由化立場，公開發表違背四項基本原則或者其他有嚴重政治問題的文章、演說、宣言、聲明等」給予處分外，其第11款規定， 「公開挑撥民族關係製造事端或者參加民族分裂活動的，對策劃者、組織者和骨幹分子，給予開除黨籍處分。」
原題目：中共新疆紀委查處反分裂中「政治紀律」案件
