1967年初，正是中國內地文革運動最狂暴的時候。紅衛兵和造反派在毛澤東的謀劃和支持下，在地方各行政管理層面實行"奪權"，全國各地政府，包括公檢法系統的正常行政功能一時失效，整個國家基本上處於無政府狀態。在此期間，以革命的名義，全國到處發生不同規模毀打砸搶事件。
1967年2月7日，《紐約時報》刊登了一條發自印度首都新德里的報導。這篇題為《藏人指控中國人褻瀆寺廟》的報導說，2月6日，達賴喇嘛的執行代表圖登寧捷在記者招待會上展示了兩尊佛像的頭部，其中一個高約十六英吋，另一個高約十二英吋。圖登寧捷告訴與會記者，這兩個觀音像頭像來自拉薩大昭寺，是大昭寺供奉的十一面千手觀音像上的兩個。1966年8月25日，紅衛兵洗劫了拉薩的"主佛殿"（大昭寺），剝下塑像上貼的金片，然後將這座建於公元七世紀的塑像砸毀，碎片被扔到大街上和水溝裡。同時遭到毀滅的，還有一千多座大小佛像和大量壁畫。
拉薩祖拉康（大昭寺）在文革中僅存下的釋迦牟尼佛像，也遭紅衛兵砍過，至今佛像腿上仍可見傷痕。
1966年爆發的 "無產階級文化大革命"是從"破四舊，立四新"運動開始的。"四新"的具體內容究竟是什麼，恐怕現在也沒人能夠說清楚，而"四舊"的具體內容卻是一開始就很明確的：一切代表"封、資、修"的東西，都屬於"四舊"，在被"破"之列。首當其衝的，是代表"封建思想"的宗教文化。在舉國上下一片砸寺廟，毀佛像，燒舊書之類摧毀"舊文化"的過程中，沒有人知道，隱藏在雙重鐵幕背後的西藏究竟發生了什麼。
文革是中國現代史上最愚昧，最慘痛的一頁。事隔多年，這場在黨中央領導下，長達十年的經濟，文化和精神的全方位自殘運動在中國並未得到清算。文革仍然是一個禁忌話題，對文革的深入研究依然障礙重重。
內地如此，西藏更是如此。關於西藏文革的情況，長久以來官方諱莫如深，民間也無人研究。直到2006年，兩本書的問世才填補了文革研究，也是西藏現代史上的這個空白。這兩本書是西藏女作家唯色編寫，臺灣大塊文化出版社出版的《殺劫》和《西藏記憶》。
在《西藏記憶》裡，唯色記錄了一位當年砸大昭寺參與者回憶。這位化名韃瓦的人當年曾是拉薩中學的紅衛兵頭頭。砸大昭寺，是拉薩紅衛兵的第一次革命行動。
根據韃瓦的回憶，前一天（八月二十三日？）晚上，紅衛兵司令部根據"上面"，即自治區的意圖開了個會，說第二天要去帕廓街搞宣傳，居委會的人也要參加。但是當時沒有說要砸大昭寺。次日一早，各路人馬彙集在一起，其中有紅衛兵，也有居民，總共約上千人，前往大昭寺。他們一邊走一邊呼口號，到了大昭寺南邊的講經場，就開始演出，然後開大會。正在講話的時候
"...... 突然就亂起來了。抬頭一看，這大昭寺的樓上出現了好多人，好像都是居委會的群眾，我後來還聽說過，有些人還是各縣來的積極份子。究竟是怎麼回事反正不知道，反正都是老百姓，拿著十字鎬、洋鍬什麼的，也不知道從那裡鑽出來的。我們不是在這樓下的講經場嗎？這牆上都有壁畫，居委會的幾個年輕人，提著十字鎬衝上來就挖壁畫，敲掉了一大塊。......就在說話時，樓上已經有人把金頂挖下來了，正往下扔。這下子下面也就亂套了。這一亂就散了，全都散開了，我們也沒有辦法指揮了，人都往大昭寺方向跑去......"
韃瓦進了大昭寺，看到裡面到處都是人，有藏人也有漢人，還有"三教工作組"的幹部，甚至有穿軍裝的人在拍電影。有些人趁亂順手牽羊，試圖偷走貴重的法器和佛像裝飾。
那天砸大昭寺只是一個開端。後來的若干天裡，有一千三百多年歷史的大昭寺被洗劫一空，大量經書和唐卡被付之一炬。文成公主入藏時帶來的釋迦牟尼十二歲等身像被紅衛兵砍了一刀，佛像身上的珠寶裝飾全部被剝去，但佛像倖免於難。其他所有的佛像，包括相傳松讚干布，赤尊公主和文成公主入滅時幻化而入的十一面千手觀音像，全被砸毀。大昭寺內一千多年來積累的金銀珠寶全部散失，至今下落不明。
大昭寺的劫難尚未完結。1968年6月7日，拉薩發生"六·七大昭寺事件"。那天，解放軍拉薩警備區部隊攻進被"造總"（"拉薩革命造反總部"）佔領的大昭寺，開槍打死十二人，打傷多人。佛教聖地成為名副其實的屠殺場。
劫後的大昭寺被不同機構佔據。先是成為"紅衛兵破四舊成果展覽辦公室"，堆放西藏各地送來的"四舊"，然後又被兩個造反派組織前後佔據過一段時間。造反派撤出後，大昭寺隨即被軍隊佔據，樓下的佛殿被用作豬圈。軍隊撤離之後，大昭寺被改為政府招待所。
大昭寺的毀滅是西藏文化遭受摧殘的一個縮影。經過"平叛"和"文革"兩度劫難之後，昔日雪域佛國的幾千座寺廟中，保持完整的只剩下八座，僧人剩下不到一千名。
1966 年10月15日，國務院總理周恩來與中央民族學院干訓班西藏學生談話時說："西藏地區經歷了三次大解放：第一次是一九五一年人民解放軍進駐西藏，西藏回到了祖國大家庭；第二次是一九五九年的農奴解放，平叛之後，進行了經濟制度的改革，取消了農奴制度；第三次是文化大革命，喇嘛獲得瞭解放。全西藏有十幾萬喇嘛，百分之九十已還俗，要組織這些解放出來的小喇嘛參加生產。
...... 這次文化大革命是思想大革命，就是要把喇嘛制度徹底打碎，解放小喇嘛。但是，破除迷信則是長期的，迷信思想在沒有新思想代替之前，是一下子消滅不了的，這是長期改造的事。現在，西藏正在破四舊，打廟宇，破喇嘛制度，這都很好，但廟宇是否可以不打爛，作為學校，倉庫利用起來。佛像，群眾要毀可以毀一些，但也要考慮保留幾所大廟，否則，老年人會對我們不滿意。"
從這段談話中可見，文革期間對西藏宗教文化的摧毀，並非沒有得到最高領導層的支持。 1972年，周恩來批示修復大昭寺，那是因為，隨著中美關係改善和中日建交，中國將逐步對外開放，西藏也將開放。被洗劫一空，變成了招待所的大昭寺，是一個活生生的證據，絕不能讓外國人看到的。
修復後的大昭寺，只有文成公主帶來的釋迦牟尼十二歲等身像和一尊松讚干布像是原物，其他所有的佛像都是重塑的，壁畫也是重繪或者修復的。但是，老外當然不需要瞭解這一切。三年後，美籍華裔作家韓素英幸運地成為最早來到拉薩的外國人。在她 1977年出版的《拉薩：開放的城市》一書中，韓素英告訴美國讀者，大昭寺裡的壁畫"不僅沒有損壞，有些顯然經過精心的重繪"；她稱讚整座建築色彩鮮艷，雕樑畫棟都畫上了"動物，鳥和花，閃著金色，綠松石色，紅色，綠色和藍色的光澤。"大昭寺這一頁慘痛歷史，就這樣被五彩繽紛的顏料輕輕掩去。
大昭寺的十一面千手觀音像還有一個"心臟"，那就是裝藏像內的一尊蛇心旃檀觀音像，傳說是松讚干布的本尊。大昭寺被毀時，泥塑的十一面觀音像被打碎，露出了藏在其中的木質觀音像。有不知名的藏人冒著危險，悄悄把那尊蛇心旃檀觀音像保存下來，輾轉送到達蘭薩拉，獻給達賴喇嘛。現在，這尊蛇心旃檀觀音像在達蘭薩拉法王府，由達賴喇嘛親自保藏。
《紐約時報》的報導引述說，大昭寺十一面千手觀音像上的八個頭像殘面，"被人在夜深人靜時從水溝裡撿出來 "，悄悄藏起來，後來設法翻越喜馬拉雅山口，帶出國境，輾轉送到達蘭薩拉。八個殘面中，有一個現在珍藏在達蘭薩拉法王府。修建達蘭薩拉大昭寺時，達賴喇嘛召見德高望重的西藏老藝人邊巴，將另外七個殘面交給他，囑咐他將這五個7世紀的頭像重裝在新塑的十一面千手觀音像上。達賴喇嘛還交給邊巴老人一袋舊時的" 袁大頭"銀元，那是一位藏人信徒奉獻給達賴喇嘛的供養。達賴喇嘛囑咐邊巴老人，將這些銀元融化了，用於重塑十一面千手觀音像的身體。後來，邊巴老人將這些銀元用來塑制千手觀音像的手臂。
在達蘭薩拉大昭寺達賴喇嘛法座背後，有一座高大的金色釋迦牟尼佛像，法座兩側，一邊是巨幅唐卡，另一邊就是那尊用拉薩大昭寺觀音像的殘面，加上來自中國的銀子和印度的泥土，重新塑造的十一面千手觀音像。千手觀音旁邊還有一尊蓮花生大師像。
達賴喇嘛曾在一次法會上提到過，當流亡他鄉的藏人回西藏的時候，當中這座釋迦牟尼佛像將留在印度，作為流亡藏人留給印度人民的禮物，以感謝印度人民的在最艱辛的流亡歲月裡，給他們的支持和援助。而那兩尊面向西藏的十一面千手觀音像和蓮花生大師像，將會跟著返鄉的人們一起回到拉薩。
