1.霉變導致的致癌危險
很多堅果容易受到黴菌的侵染，對人的健康危害風險最高的是黃曲霉引發的霉變。黃曲霉毒素是黃曲黴菌的代謝產物，最重要和毒性最大的是黃曲霉毒素Bl，其半數致死量僅為0.36毫克/公斤體重，屬特劇毒的毒物範圍。它的毒性比氰化鉀大10倍，比砒霜大68倍。黃曲霉毒素引發的急性中毒，主要是損害肝臟，誘導發生肝炎、肝硬變、肝壞死等。臨床表現有胃部不適、食慾減退、噁心、嘔吐、腹脹及肝區觸痛等;嚴重者出現水腫、昏迷，以至抽搐而死。黃曲霉毒素是目前發現的最強的致癌物質。研究發現黃曲霉毒素能誘使動物發生肝癌，也能誘發胃癌、腎癌、直腸癌及乳腺、卵巢、小腸等部位的癌症。黃曲霉毒素污染是全球性的問題，包括一些發達國家，污染也相當嚴重。我國主要在南方高溫、高濕地區對食品的污染比較嚴重。
自己購買花生類的乾果時，應注意查看是否有霉變的問題。一方面可以手工挑選去除霉變果仁。另外，喜愛吃花生類乾果的人，對於熟製品，一定要仔細辨別果仁表皮上是否有霉斑。如果懷疑，最好少買少食。特別是對於用糖或其它原料混配加工的果仁產品，更要小心。購買生的花生仁，應該用水清洗後再熟制處理。雖然黃曲黴素並不溶於水，但用水沖洗也能除去大部分在果仁外面粘附的毒素。
有一次家人買回一種琥珀腰果，包裝很好，吃起來味道也非常好。自己食用了10多粒，之後不久就感覺到胃部有不適反應。過去也經常吃過腰果，偶爾也吃過類似的琥珀腰果產品，都沒有出現過任何不適反應。但經過兩次重複食用驗證後，可以肯定，這次的琥珀腰果就是引發胃部不適反應得元凶。從加工工藝方面分析，實在無法推測這種食品與胃病有何聯繫。將這種琥珀腰果泡入水中，反覆沖洗。將包裹的糖料全部洗掉以後，終於發現了問題所在。原來這次購買的琥珀腰果產品中參雜著一些霉變的果仁。
一些缺少公德的加工者會通過各種方法掩蓋原料中的變質問題，往往使人無法通過色、形及味覺辨別出劣質、變質的問題。特別是珍貴的堅果種類，用劣質的原料進行加工，可以獲得更豐厚的利潤。
2.油脂酸敗導致的健康危害
很多堅果都含有較多的不飽和脂肪酸，這類成分一方面具有特殊的營養價值，同時也容易發生氧化酸敗的問題。這種變質很容易辨別，一般人都能通過細聞或是品嚐發現果仁酸敗(變哈)的現象，從而能夠正確選擇食用、避免危害。
3.濫用化學處理防變質
熟制的堅果果仁在貯存過程中容易發生脂肪酸的酸敗問題，而使產品失去商品價值。因此，廠家一般都要採取一些措施控制堅果的酸敗變質問題。化學抗氧化劑的應用十分普遍，違規違法使用這類化學添加物的行為時有發生，這對消費者的健康構成潛在的危害。一些人工合成的抗氧化劑本身也有一定的致癌性。消費者很難識別濫用化學抗氧化劑問題，只能依靠監管部門的認真監管，才能保證消費者的安全。
4.濫用調味美容製劑
監管機構發現，一些瓜子生產者在生產中有濫用工業色素、工業石蠟的行為。很多非食用色素具有很強的致癌性。工業用石蠟也常常含有緻癌性的雜質成分。有的堅果生長在高溫高濕的環境下，容易出現黴菌侵染問題或是其它因素導致的外觀品質不佳的問題。一些加工者往往會使用漂白劑，如二氧化硫類的化學品，對堅果進行美容處理、消除雜色斑跡。這往往也會導致果仁含有過多的有害化學物質的殘留。特別是開心果類的裂果類堅果，果仁中更容易蓄積有害處理藥劑。這些美容化學品對人體健康具有很大的危害性。一些有害成分會引發人體的不適反應，特別是口腔組織的異常變化。細心注意觀察自身反應的人，能夠辨別這方面的危害問題。
5.過敏性危害
各種堅果都有獨特的、令人喜愛的風味，一般也都含有一些特殊的蛋白。並非人人都能適應這些蛋白。一些敏感體質的人對稀有的蛋白比較敏感，容易出現過敏反應。目前對花生過敏機理研究的較多，而對其它堅果的致敏成分瞭解較少。另外，散裝堅果仁在存放過程中，容易滋生肉眼無法辨別的蟎蟲，吸入和食入這些蟎蟲會使一些人發生強烈的過敏反應。
姜微波認為，各種堅果雖然營養豐富，但不安全的危害風險也很高。人們在日常生活中應注意辨別堅果的優劣、注意適量食用。特別是一些以往很少食用的珍稀堅果，更需要小心避免危害，不要因為珍貴而不原意丟棄那些已經能辨別出品質不佳的堅果食品
