頭痛在小兒科是一個很常見的問題。小孩和大人不同，很多可能的病因須一一排除，尤其是嬰幼兒和學齡前兒童，因為表達不易，有時表現的症狀只是躁動不安，噁心、嘔吐和揉觸前額的動作而已，必須詳加鑒別診斷。
一旦有反覆性的頭痛，首先要排除其他生理的病症引起的問題，首先是五官科的疾病，如：耳鼻喉科方面的鼻竇炎，眼科的近視、散光或牙齒齲齒的問題，或是流行性感冒，甚至是其他感染，如：腦膜炎、腦部膿瘍等。
而腦部問題引起的反覆頭痛有可能是顱內壓升高的第一表徵，通常此種頭痛在早晨起來或病人睡醒起來時最痛；起因於壓力太高壓到腦內的血管；此種頭痛通常在前額和枕部最痛，原因包括腦瘤（特別是後顱窩腦瘤）、水腦、腦膜炎、腦炎、腦膿瘍、硬膈膜下腔血腫塊、慢性鉛中毒、假性腦瘤（食性顱內壓高）；其他原因如：動靜脈血管畸型、動脈瘤、膠原性疾病、高血壓腦病變、蜘蛛膜下腔出血、中風等，有賴於詳細的神經學檢查，及眼底檢查。如果懷疑以上器質性問題引起的頭痛，影像學如：核磁共振、電腦斷層及其他相關的實驗室檢查是有必要的。
其次較常見是緊張型頭痛，起源於壓力或情緒的問題，和偏頭痛較難以鑒別診斷。緊張型頭痛很少出現在早晨，常見於下午傍晚，有壓力或焦慮，睡眠不足時易發生，痛的時間較久，且易在一天內好好壞壞，多數的緊張型頭痛在額部，但也有在頂部或枕後發生，起源於顳肌斜方肌群，咬肌的收縮，而很少有如偏頭痛有脈搏跳動的感覺，也比較不會伴有嘔吐或噁心感，一般緊張型頭痛比較不需要做腦波或斷層的檢查。治療原則是找尋造成壓力或焦慮的原因並分享關心和瞭解，通常較缺乏自信和過度要求完美的小孩較易有此種頭痛，除了再三保證其頭痛非器質性的以外，可適度給予止痛藥；必要時可做心理輔導。
最常見的頭痛是偏頭痛，其症狀為搏動型頭痛，有時伴有腹痛、噁心或嘔吐，通常偏一側，有時有先兆（如：看到閃光、感覺動作異常），在睡眠後會改善。偏頭痛常有家族病史，大多數的偏頭痛並不嚴重也不須服藥治療，最小的年齡是1歲左右，在國外的統計在7 歲到15歲的孩童盛行率約4%；女孩稍多，多半在10歲後會自癒，約有5%∼20%的病童會變成成人型的偏頭痛，遺傳因素和血管不穩定是重要的原因，此外荷爾蒙變化、食物過敏，特殊如要求完美的個性、壓力、亮的閃光、聲音太大等則是誘發因子。神經傳導物質Serotonin及Substance P被認為在偏頭痛扮演很重要的角色。
偏頭痛可分為一般型典型偏頭痛、類偏頭痛、叢積型頭痛，但叢積型頭痛很少發生於小孩。一般型偏頭痛沒有先兆，是小孩偏頭痛最常見的，頭痛是搏動型一陣一陣，發生於單側前額或顳部，持續時間約1至3小時，但有時卻可持續24小時之久，活動劇烈會增加疼痛，時而伴隨嘔吐或腹痛，因為誤診為盲腸炎時有所聞，其他症狀如：臉色發白、畏光、肢體或其他感覺異常等，多半有明顯的家族史(尤其是母親那邊)有時頭痛會和其他的問題並存，如：焦慮、經期前後、排卵期前後、特殊的味道及食物、貪食症、成厭食症。
典型的偏頭痛則為有先兆的偏頭痛，由於較小的兒童不會描述，較少發生於年齡小的孩子。多半的先兆為視覺模糊、看到黑點或閃光、折射角度的光線，或東西變得忽大忽小；部分病人會合併有眩暈或嘔吐的情形。其時須要和腦部長瘤或枕葉型癲癇做鑒別診斷。而類偏頭痛包括陣發性嘔吐、陣發性眩暈及陣發性意識混亂狀態。 陣發性嘔吐的症狀是隔一段時日就會無緣無故的嚴重嘔吐，有時甚至會脫水及電解質不平衡，有時會伴隨腹痛，但很少發燒及腹瀉，此時要先排除掉腸胃道或其他如代謝性疾病。眩暈及意識混亂也偶有伴隨偏頭痛發生。
複雜型偏頭痛，如：腦幹附近血管的收縮，或有時伴隨局部神經學症狀，如：走路不穩、眩暈、耳鳴、瞳孔大小不一、單側肢體或臉部麻木感、失語等，在成年人較常見需先排除器質性的問題，但也有家族型的複雜偏頭痛的病例報告，和一些基因的變異有關。
在偏頭痛的治療方面，主要是避免可以引起偏頭痛的誘因，最常見是壓力太過疲倦、焦慮。有一些孩子是被一些不實際的壓力或父母過高的要求所困擾，如：學習較慢或是同儕的競爭力大，有些研究顯示某些食物會引起偏頭痛，如：豆乾類、巧克力、可樂、熱狗、辛辣肉類、牛肉乾等。另外，避免強光刺激，太陽曝晒、過度勞累、頭部外傷、吵鬧聲音、太餓、坐車或特殊藥物等。如果有因果關係，通常在詳細的神經學檢查都正常後，給予適當的鼓勵及衛教，症狀有50%會逐漸痊癒，只有少數偏頭痛的病人需要藥物治療。
藥物治療有分急性的治療和預防型的治療，急性的治療在小孩常用的止痛劑，如：普拿疼及馬蓋先等，嚴重者可投於血管收縮劑、止吐劑。偏頭痛非常嚴重者，或持續發作4∼72小時以上才須用5-HT接受器Agonist，但小孩子仍很少用到。至於預防性的治療的使用，原則上是患者每個月有2∼4次以上嚴重的偏頭痛，且影響到其日常生活時才考慮使用之。其他如：行為治療、生物回饋，及自我催眠療法，也有一些研究顯示有一定的療效。
