一九四九年十月一日，「中華人民共和國」在北京成立，為期三年的國共內戰已告一個段落。但戰爭其實並未結束，從十月十二日國府由廣州遷往重慶到當年年底，是所謂的「西南保衛戰」時期，蔣介石親臨重慶坐鎮指揮，面對眾叛親離的悲慘局面，過程備嘗艱辛，在其日記上有極為深刻的記載。
蔣介石是於十一月十四日桂林失守後，自臺灣飛往重慶，行前一天在日記寫道：「德鄰飛桂後，閃避不回重慶行都，整個政府形同瓦解。軍民惶惑，國難已至最後關頭。不管李之心理行動如何，余不能不先飛渝，主持殘局。」
許多研究者認為，蔣此行除為「主持殘局」，也是調虎離山之計，把共軍牽制在中國西部，以緩和對臺灣的威脅。
在渝期間，蔣為統籌川滇康作戰方略，令胡宗南部隊由秦嶺轉進到成都，俾使成為保衛西南主力。十一月廿八日共軍攻抵南溫泉，重慶危在旦夕，蔣不得已決赴機場宿營，「此時山洞林園前，汽車擁擠，路不通行，途中為車輛阻塞者三次，無法前進，乃下車步行，通過後改乘吉普車前進。」
第二天一早，中美號專機自白市驛機場起飛時，在江口過江之共軍，已迫近距機場前方廿華里。
到了成都，蔣隨即約見鄧錫侯、劉文輝、熊克武、向傳義、王方舟等軍政領袖，但劉、鄧避不應召。蔣在十二月七日日記寫道；「彼藉口以怕本主席與其為難，而實則另有作為。彼等已經受匪威脅，決作投暗棄明之叛離，似已成竹在胸矣。滇盧（按、雲南省主席盧漢）態度亦已漸明，既不願大本營設昆明，亦不願就滇黔剿匪總司令名義，其用心與劉鄧如出一轍。」
但蔣仍不死心，指派張群前往昆明安撫盧漢。隔天張群自昆明回到成都，向蔣報告與盧漢接觸結果。日記記載；「岳軍面述盧以正在戒菸，故其心身皆變態無常，只想退避要錢，至於公義私情皆不顧矣！」
蔣知盧漢已有貳心。不久，情報單位攔截到盧漢打給劉文輝的電話，內云「請其四川各將領活捉蔣匪」。蔣原本想飛到西昌，但彼時西昌衛隊只七百餘人，兵力單薄，於是決定改飛臺北。當天蔣在日記記載；「小子（按，蔣自稱）粗疏，太不警覺儆醒矣！近月以來逆盧言行早露叛跡，如及時防範或趁早解決猶易為力，奈何一誤再誤，冥頑不靈如此也。」
蔣會如此懊惱生氣是有原因的。早在九月初蔣赴重慶擘畫西南戰局時，盧漢就曾拒絕應召，理由是怕蔣不放他走。蔣為了表現誠意，派蔣經國到雲南當人質，只要盧漢一天沒回昆明，蔣經國便不許離開。因為這樣，盧漢這才肯到重慶與蔣見面。
經過此番波折，蔣的內心不免感慨系之，日記寫道；「邊區之人善變多疑，而況於苗夷盧、龍乎？今後益覺邊人只有畏威而決不懷德，道義絕非邊民與苗夷之所能感動。豈僅苗夷，一生經歷，更覺凡是政治與外交，絕無信義更無情感可言，只有實力與強權方是政治與外交之本質也。」
西南雖已失去，蔣則以「在川滇康黔叛離混亂下，毅然獨斷遷移中央政府於臺北」而自得。日記提到：「當時對於遷都臺北多主慎重，不即遷臺，蓋恐美國干涉或反對，不承認臺北為我國領土。余始終認余在臺，政府遷臺，美、英絕不敢有異議，如其運用武力干涉或來侵臺，則余必以武力抵抗，寧為玉碎，不為瓦全，以其背盟違理，曲在彼而直在我也。」
