事件發生不到半個月，就查獲了200多名涉案人員，其中包括黑惡勢力成員90人，並已經拘留了100人。"瓮安事件"專案組的成效不可謂不大，效率不可謂不高。不過，這起事件要想劃上圓滿的句號，還應該回答公眾兩個疑問--
一、李樹芬的幺叔究竟是哪些人打的？6月24日，李樹芬的幺叔李秀忠在縣公安局和民警發生衝突後，在路口被多名不明身份人員毆打，至今仍在住院治療。起初，李秀忠以及很多人都認為是警察毆打的，直至被傳為李秀忠在公安局被打死。
此事是促使事態迅速升級的一個重要因素。事態基本平息後，專案組很快就認定李秀忠不是在公安局挨打的，但行凶者卻一直"身份不明"。李秀忠為什麼偏偏在這個時候挨打？他挨打與剛才發生在公安局的衝突有沒有關係？打人者到底是什麼人？......這些問題對查清事實真相、確定事件性質都有著非常重要的價值。
二、到底哪些警察與黑惡勢力有糾結？已經被免職的瓮安縣公安局長申貴榮曾對記者說："因為本地公安認識黑幫的人，尤其是黑幫的老大。我們雖然沒有查清楚到底哪個人被腐蝕，但可以肯定地說，公安內部的人和黑幫之間，是有糾結的。"警與匪竟然糾結在一起，百姓豈有安寧的日子！
那麼，到底是哪些警察與黑惡勢力沆瀣一氣？以前的公安局長沒查清楚，現在的專案組絕不能把這個問題再留下去。已經有90個黑惡勢力成員被查清了，其中刑事拘留的就多達39人，這麼多人難道都不知道誰是他們的"保護傘"嗎？
李秀忠被打是"瓮安事件"最大的疑團之一，這個疑團不解開，就不能說事件的真相已經大白，整個案件也就永遠不能了結；"警匪糾結"是瓮安社會治安嚴重惡化的癥結，這個問題不解決，"打黑除惡"就只能是治標不治本，瓮安的社會治安也就不可能根本扭轉。"瓮安事件"的發生，有著很多複雜的深層次的原因，但就案件本身的偵破而言，有多少人參加了打砸搶燒以及有多少人涉黑作惡只是案件的一部分，而李秀忠蹊蹺被打和警匪糾結才是瓮安事件中兩個關鍵的大"西瓜"。
當然，專案組的調查還在進行之中，李秀忠被打以及"保護傘"問題應該也在調查的範圍之內。但在半個月大範圍的調查之後還沒有發現毆打事件和"保護傘"的蛛絲馬跡卻不免讓人失望。因此，有必要提請專案組注意，瓮安事件中的這兩個關鍵的"大西瓜"切不可被忽視掉！
