由臺灣大學主辦的這項研討會為期兩天，分就憲政、民主與良治、司法改革、教育文化、科技產業、醫療保健、財經議題、外交與兩岸、社會、農業及媒體議題提出建言。
台大校長李嗣涔指出，很高興看到台大校友當選總統，今年是台大建校八十週年，台大善盡知識份子責任，八年前第一次政黨輪替時也曾舉辦向政府建言的研討會；期盼新政府把均衡與和諧原則發揮在施政中，領導人更應嚴以律己，樹立典範。
馬總統說，中華民國行憲六十年來歷經蔣中正、蔣經國、嚴家淦、李登輝、陳水扁與他六位總統，其中民選的總統通通是台大人，六十年中有二十年都是由台大人執政，台大人的影響不可謂不大，但台大人執政是功是過？給人民帶來幸福或災難？都要經過輿論及歷史學家檢驗評價。
馬總統並回應台大人建言指出，新政府未來定位方向包括：找回臺灣核心價值、重振臺灣經濟實力、確保臺灣真正尊嚴、開創臺灣的美好未來。
他強調，新政府將是願意傾聽反省的政府，二次政黨輪替反映人民對政府的信賴掉到最低點，政府要傾聽民意並徹底反省，才能重拾人民信賴，並牢記權力使人腐化，絕對的權力使人絕對腐化。
馬總統並強調，新政府要建立憲法尊嚴，過去十六年修憲七次，但對新興年輕民主國家而言，尊憲行憲比修憲重要，要讓五權憲法充分發揮功能並尊重獨立機關。他舉例指出，日前他決定暫不補實考試院秘書長、考選部、銓敘部、保訓會等首長職缺，就是要避免造成憲政困擾，讓獨立機關真正獨立。
馬總統說，新政府重視價值與臺灣精神，首長要清廉自持、以身作則，更要創造機會，小國要小而美小而強，秉持開放、務實、彈性、靈活，才有和平的機會。
他指出，必須要開創機會讓臺灣有國際參與的空間，就職後他接見近二十批外賓，深有感觸，臺灣究竟作錯什麼事，要在國際場合受到打壓？
馬總統進一步表示，中國大陸打壓是一回事，我們夠不夠靈活務實也是一個原因，我們要自求多福，自己創造機會，在尊嚴、效率、機會之間尋找動態平衡；此外，更要尋求和解，國內要和解、兩岸也要和解，追求和解是新政府不變且持久的政策，總的來說，新政府將是能傾聽反省、建立憲法尊嚴、重視價值、創造機會的政府。
