首先，由於臺灣的總統選舉、入返聯公投之舉辦都是「主權國家」的表徵，故對北京而言，似亦不會放棄此次打壓臺灣國際空間的機會。也就是說，總統選後迄馬總統宣誓就職期間（甚或未來的任何時刻），臺灣的外交處境可能會更為險峻，例如若干邦交國可能還是會傳出斷交的危機。
尤其是，此次入返聯公投都沒有過關的對外象徵意義是，臺灣並沒有意願參與聯合國的運作，進而已相當貼近於北京的外交利益，惟對臺灣的國際能見度而言，卻是極為不利的地方。不過，我們也希望北京與國際社會都能夠瞭解，實際上臺灣的入返聯公投沒有通過，並非真的表示臺灣不想參與聯合國的運作；相反的，臺灣作為「主權國家」，已再度選出新任的民選總統！
其次，由於中華民國憲法或憲法增修條文所賦予的總統權責就是以國家安全大政方針為主，因此即將上任的馬總統還必須思考的課題是，臺灣的全球政經戰略夥伴是否仍沿襲過去以來的美、日等國為主，如果是的話，則他顯然就無法逾越美、日等國所劃定的紅線（例如：可能會概括承受二○○○年以來的「四不一沒有」或是不斷重申所謂的「三不政策」以滿足美、日等國的利益），亦即臺灣從來沒有、更不願意，也保證不會成為東亞地區或是台海兩岸的麻煩製造者。
但反過來說，如果臺灣的全球政經戰略夥伴有意另轉向更大幅度的「西進政策」抑或是兼採「南方策略」的話，則兩岸政策的鬆綁程度或是東南亞國協的積極參與將會是臺灣國家安全大政方針的重點，同時也會是兩岸政府都必須面對的共同課題。
不僅如此，即將上任的馬總統是否也該思考如何成為「勇猛的獅子，與狡猾的狐狸」了？因為臺灣總統必須具備全球治理體系的風險管理能力，更必須面對兩岸治理的詭譎氣氛、瞬息萬變。最重要的是，如果他不夠勇猛，臺灣就無法拿到全球治理、兩岸治理的制高權；又如果他不夠狡猾，臺灣也就無法展現靈活的耐力，積極突破北京所打壓的外交困境。
最重要的是，馬英九當選新任總統後，未來兩岸關係發展確實湧現許多契機，也面臨許多變數與挑戰，短期內或許兩岸仍無法解決兩岸主權爭議，也不太容易就於近期內推動兩岸和平協定；惟北京仍應先撤除對臺飛彈的部署，才符合臺灣人民的期待與兩岸的共生共榮之理念。
最後，未來的馬英九總統也可能在上任之後，就宣布大陸觀光客來臺、週末包機等已完成技術性磋商的議題。不過，其他牽涉兩岸「政治議題」的協商談判，比如簽署和平協議等，都將與兩岸政治主體的互動相關，則關乎於北京到底願意給臺灣多少的國際自主空間，這則是北京必須重新思考的問題。
