民航局說，以九十五年度各民用航空站收支情形分析，各航空站總收入為新台幣一百五十七億元，支出七十六億元，剩餘八十一億元，整體來說仍有賺錢，但實際上，只有桃園及高雄航空站有賺錢，其他都是虧損。
機場不賺錢主要與運量不足有關，除了桃園及高雄兩座國際機場外，本島機場都因陸運交通便利性提升而受影響，包括南北已有兩條高速公路，且十二條東西向快速道路陸續完工，與高速公路形完整路網，同時，北宜高速公路也縮短東西間的交通時間，加上高速鐵路通車，陸上運輸可說年年加分。
反觀本島航空運量近幾年持續遞減，根據民航局統計，2001年至2007年，國內航線飛航班次平均每年減少百分之七點七，2007年一月五日高鐵通車，2007年前十個月，國內航線旅客量比2006年同期大幅衰退百分之二十五點三。
花東航線原本有觀光誘因，但因北宜高通車，臺鐵引進傾斜式列車，花東航線營運也大不如前，2007年前十個月比2006年同，分別下滑二成四及一成五。
民航局檢討國內航空站未來營運走向，認為應區隔航空與其他陸路運輸市場，例如臺中、金門、花蓮及松山等機場可飛國際包機的優勢，擴展國際包機業務，創造與陸路運輸不同的供給。
去年，立榮航空及遠東航空紛紛推出臺中飛日本、香港及越南的國際包機，華信航空也在金門推出飛北海道國際包機，去年前三季旅客進出量都比前一年增加一萬人次以上。
至於東部及離島機場，例如花蓮、臺東及馬公，民航局認為，應結合當地豐富觀光資源，與地方政府、業者合作套裝旅遊，創造需求。
有關部分使用頻率不高的機場，例如屏東機場、恆春機場，民航局擬引進能活化機場功能的活動，例如，利用機場場地舉辦航空展、航空園遊會、飛安宣導等，提高機場使用率並激發民眾參與航空的興趣，創造另類收入來源。
另外，對於須負擔照顧居民交通需求及緊急醫療的的離島機場，民航局考慮將航空站交由經營離島偏遠航線航空公司的可行性，目前，初步接洽飛航七美、望安、綠島、蘭嶼的德安航空，而業者認為，仍須由政府提供補助才可行。
