臺灣總統府以重建憲政慣例為由退回了行政院上週提出的總辭案，行政院長張俊雄預計將留任至5月20日新任總統就職為止，其內閣成員也可望獲得留任。
按臺灣過去的慣例在立法院改選後，應向立法院負責的行政院應該總辭；這是因為過去由總統提名的行政院長，形式上要通過立法院的同意。
但總統陳水扁在其批文上指出，臺灣在1997年修憲後行政院長已不須立法院同意，其任期與立委選舉無關，因此就憲法義務上，不需在新的立法院集會前總辭。
就政治現實面上來說，總統府認為2005年修憲後使立法委員任期延長，與總統一樣都是四年，但新立法院與新總統就職日僅差3個月又19天，其間若行政院總辭兩次，將影響政務推動與政局安定。
剛取得立法院多數席位的國民黨立院黨團雖不反對行政院成員留任，但以其留任的程序問題批評總統陳水扁藐視國會。
國民黨黨團書記長郭素春說，陳水扁應該先接受行政院總辭，再予以留任。
看守內閣
國民黨的立法院長王金平則表示，若新總統就職前這幾個月提出新內閣，並向立法院提施政方針，會讓人沒有確定感與案全感，應該把這段期間內閣視為總統選舉前的看守內閣。
他並提出建議，在新總統就職前的幾個月內，行政院不宜提出重大政策。
不過行政院新聞局長謝志偉說，從3月22日新總統產生至其5月20日就職期間的內閣，才是所謂看守內閣，在總統選舉前民進黨政府正常運作，沒有看守內閣的問題。
包括謝志偉在內一些此前個別請辭的內閣成員，在行政院表示內閣整體將"同進同出"的情況下，預計也將留任。
內閣中部分成員發生出缺情況，據此間媒體轉述不具名行政院人士的話說，這些職缺可能由一些落選的民進黨立委出任。
臺灣政府在立法院改選後原有意推派企業總裁CEO，出任這段期間的行政院長，但在國民黨不表支持下，此項人事計畫因而無法進行。
