太陽系最遠邊界仍然是太陽周圍最神秘的區域，人們對宇宙的探尋一直進行，但至今為止，關於太陽系邊界還有謎團沒有解開?
歐特雲裡有何秘密？
歐特雲是指幾萬億顆遙的彗星的聚集地。從理論上來說，歐特雲距離太陽大約10萬個天文單位，一天文單位大約相當於1.5億公里。這意味著歐特雲距離太陽非常遙遠，以至於我們從來沒有直接觀察其內部的天體，因此只能憑藉推測，但是它得一定存在，並釋放出多年來我們不斷看到的彗星。
據推測，歐特雲是彗星的發源地，這些彗星圍繞太陽長途旅行一週需要幾個世紀甚至一千年。因為這些"長期彗星"來自所有不同的方向，而歐特雲被認為是球狀，因此能從各個方向發射彗星。傑威特解釋說，雖然哈雷等彗星不是來自柯伊伯帶，而且它們的軌道也與球狀歐特雲的不相符。這表明太空中很可能存在一個形狀像甜甜圈的"內歐特雲"。傑威特表示，有天體物理學家認為歐特雲是大約46億年前在太陽周圍形成的原行星盤的殘餘物。科學家對越瞭解歐特雲，就越有助於我們瞭解太陽系和地球的產生過程。
外太陽系是否存在更多的矮行星？
至今為止，有3顆矮行星已經被認可，它們是穀神星、冥王星和鬩神星。柯伊伯帶內部可能有200多個矮行星。夏威夷雙子星天文臺天文學家乍德·特基羅說，在柯伊伯帶距離太陽大約100個天文單位的地方，可能存在許多矮行星大的天體，因為它們非常昏暗，而且運行非常緩慢，因此之前沒有人看到過它們。如果一個火星大和天體運行到距離太陽200個天體單位以外，即使採用最現代的觀測方法，我們也無法發現它。特基羅指出，在未來10年中，全景望遠鏡與調查快速反應系統(Pan-STARRS)和大口徑綜合巡天望遠鏡(LSST)等現代裝備應該能填補我們知識上的這一空白。
矮行星來自哪裡？
理論認為，根據現在的軌跡來看，太陽系邊界中的矮行星在數十億年前可能居住在太陽系的內部。
但特基羅表示懷疑，他問：如果事實確實如此，那麼它們的表面為什麼有如此多的冰？一般認為，太陽系內部的天體都因陽光照射而失去了冰層。
因此，特基羅及其同事猜測，現在在這些矮行星上看到的冰是比較新的，或許就來自這些天體的內部，是在"火山作用"下噴出地表形成的。當然，這還需要通過進一步的研究來證明，在它們從太陽系內部到達太陽系邊界的長途旅行之後，這種更新的冰是不是能足夠覆蓋這些矮行星。
宇宙射線來源於太陽系周圍的泡泡？
當科學家發現太陽吹來的帶電粒子的超聲速風與在恆星間稀薄的氣體相撞時，太陽風最終會吹擊這種星際介質中的泡泡。
星際介質就是已知的球狀日光層。科學家認為，極度微弱的宇宙射線，即從太空飛向地球的高能粒子來自日光層。科學家認為這些射線來自邊界激波(termination shock)，距離太陽大約75到85個天文單位。然而，旅行者1號並沒發現這些在邊界激波中產生這種反常宇宙射線的跡象。麻省理工學院的天體物理學家約翰·理查森說："可能是它在不適宜的時間或地點穿過邊界激波吧。"或者有關這些反常宇宙射線是怎樣產生的常規看法本身就是錯誤的。
2007年，旅行者2號穿過邊界激波，它的穿越點距離旅行者1號在2004年的穿越點大約100億英里，科學家正在分析它獲得的相關數據。理查森解釋說："它的數據或許能幫助我們瞭解這些粒子是如何產生的。據悉，宇宙射線能對地球氣候產生深遠影響，因此，瞭解它們的來源非常重要。"此外，太陽日冕物質拋射會觸發這些高能粒子出現猛烈爆發，而這種爆發可破壞太空飛船，並對宇航員造成傷害。更好地瞭解這種邊界激波或許有助於瞭解這些潛在的威脅粒子。
