現任中研院基因體研究中心主任翁啟惠，目前請假在美國，六月一日才會返回崗位，中研院現任院長李遠哲也不在國內。
翁啟惠目前擁有美國國籍，未來接任院長後，勢必得宣布放棄；另外，他在美國聖地牙哥的生技公司，在遴選過程中，也有質疑聲音，可能也得有所處置。
翁啟惠以化學、生物學及合成有機化學見長，一九九四年當選中央研究院院士，並曾當選美國國家科學院院士，在專業領域頗具聲譽。
當初中研院遴選委員推薦的院長候選人之一、物理所所長吳茂昆說：「非常好、恭喜他，是我們所期待的人選。」另一候選人陳定信也指這是「很好的結果」，期許新院長「盡快把中研院帶上世界第一流！」
中研院副院長賴明詔表示，翁是國際有名的學者，有很好的哲學判斷能力，相信他會承襲李遠哲院長的腳步，帶領中研院繼續向前；副院長曾志朗也以「很好、很好」回應，他認為中研院是一個「團隊」，未來的方向，應該讓新院長來決定。
由於外界質疑這次院長遴選缺乏人文方面的候選人出線，史語所所長王泛森期許新院長，未來對於人文、社會學科能特別加強重視，另對不同學科之間的特殊性也能有深刻的瞭解。
環境變遷研究中心主任劉紹臣也說，翁的學術成就享譽國際，為人非常低調、謙和，是很容易溝通的人，期盼未來翁院長能對不同領域都能給予平衡支持。
近代史研究所所長陳永發認為「實至名歸」，相信未來翁院長與院內溝通不會有問題，但比較擔心翁院長未來與立法院、外界的互動；不過，他指出翁啟惠過去「對政治不介入」的中立立場，是很大的好處。
不過，中研院研究人員聯合會理事長張茂桂表示，該會因無法參與遴選過程，對於新院長「不認識」、「不瞭解」，因此不知道應該有怎麼樣的期待。
翁啟惠 化學權威嘉惠醫界
現年五十八歲的翁啟惠，一直都被外界視為李遠哲的接班人，也被評做最有機會得到諾貝爾獎的學者；他的學術成就，包括率先研發出用酵素快速合成「複雜多醣體」及「醣蛋白」的新方法，可廣泛用來開發各種心血管及發炎疾病的新藥；又與美國學者合作建立用細菌大量生產醣蛋白的新技術，使醫界能用更低成本研發更符合人體需求的藥物。
雖然擁有如此耀眼的成就，不過翁的求學階段，並不若一般人想像的一步步邁向目標。他喜歡研究化學反應，但是卻被父母要求考醫科，結果只考上台大農化系；他曾私下表示，因為「失落感很重，並沒有好好念」，還差一點要轉到化工系。
退伍後，翁啟惠一面跟著老師到中研院做研究，一面到台大生化所念碩士。當時他對蛋白質有興趣，一股腦地投入研究，結果等要討論中研院職務升等，才發現沒有博士學位，因此一九七九年以三十歲的年紀啟程到美國麻省理工化學所攻讀博士，不過，認真的他以三年就拿到博士學位，且累計發表將近二十篇論文，是一般博士生的七、八倍。
取得博士學位的翁啟惠最後選擇留在美國發展，並於一九九四年當選中研院院士、二○○二年獲頒美國國家科學院院士，在國際學術界擁有相當高的聲望。
李遠哲也看上他的學術成就，每次赴美都一定和翁聯絡，在三顧茅廬、大力延攬下，翁啟惠於二○○三年返臺出任中研院基因體研究中心主任；回臺前，他在美領導的研究團隊多
達四十人，每年執行和參與其他大型整合計畫的經費平均高達兩億台幣。
