我們知道，明代內閣諸大學士，和以往宰相不同，在制度上始終沒有監督六部、百司執行皇帝詔令之權。直到明末崇禎年間，一些閣臣為推卸責任仍在說：「昭代本無相名，吾儕止供票擬。上委之聖裁，下委之六部」（《明史》卷二五七《馮元飆傳》）。清代官方著作《歷代職官表》也說：「內閣職司票擬，其官創自明初，原不過如知制誥之翰林，並非古宰相之職」（卷二內閣表下案語）。這些話並不錯。這正是明太祖這個歷史上個別傑出人物廢宰相後，給後代政治制度所打上的深深烙印。可是由於限制君主獨斷專行這一歷史總趨勢不可遏止，後來的君主和臣屬自覺不自覺地逐漸把內閣塑造成了實際上代替宰相的機構。其權力和特點如下：
第一，內閣擁有「票擬」之權。這就使它對皇帝權力的限制，超過了過去的宰相。所謂票擬，便是代皇帝草擬各種文書，大量是關於六部、百司各類政務奏請文書的批答。它可以是先與皇帝共同討論，作出決定後再草擬成文字，更多的是內閣先擬好批答文字，連同原奏請文書一起送皇帝審批。由於票擬要比以往各朝輔佐君主處理政務的制度更加細緻、週到，特別是過去（如唐宋）草擬下行詔令和審核上行奏章的機構，有中書，有門下，有翰林院，比較分散，明代全都歸口於內閣，這就給大多數中主單純倚靠內閣票擬，自己可以不怎麼關心政事，提供了極大方便。其結果便是：表面上宰相廢去，皇帝直接指揮六部、百司政務；實際上多半依靠「票擬」定奪，皇帝的意志和權力受到內閣諸臣極大的左右限制。如果說儒家的「君逸臣勞」要找一種理想模式的話，那麼明代內閣票擬便是這種模式。
《明史》卷一八一《劉健傳》：孝宗時與李東陽、謝遷俱在內閣，「三人同心輔政，竭情盡慮，知無不言。（孝宗）初或有從有不從，既乃益見信，所奏請無不納，呼為先生而不名」。武宗即位，劉健等提出幾條壓制近幸的辦法，「擬旨上，不從，令再擬。健等力諫，謂『……所擬四疏，（自信正確），不敢更易，謹以原擬封進』。不報，居數日又言……（表示既不批准票擬，便求退休）。帝優旨慰留之。疏仍不下。越五日，健等復上疏，歷數政令十失，……因再申前請。帝不得已，始下前疏，（仍未批准，而是）命所司詳議。健知志終不行，首上章乞骸骨，李東陽、謝遷繼之，帝皆不許。既而所司議上，一如健等指，帝勉從之」。這是內閣經過鬥爭，終於將自己意志強加諸皇帝的例子。明武宗是個十分任性的人，為什麼他不行使至高無上的皇權，逕直否決劉健等的票擬呢？就因為發展到明中葉，一般情況下如同孝宗那樣，照批票擬已成慣例，要想否決，便得提出理由；武宗又提不出理由，於是便只有拖。拖來拖去，被迫批准。
《明史》卷一六八《陳循傳》：在比孝宗還要早的景帝時入閣。「帝欲易太子，內畏諸閣臣，先期賜循及高谷白金百兩，江淵、王一寧、肖鎡半之。比下詔議，循等遂不敢諍（而遵旨票擬）」。為什麼景帝更易太子要向閣臣行賄，而不逕直行皇權決斷呢？正像武宗一樣，就因為缺乏理由，所以害怕閣臣不同意，拒絕擬旨。現在景帝雖達到了目的，但那是由於閣臣腐化怯懦，未盡到職責，屬於另一問題；而行賄本身，卻正足以說明內閣和票擬確是對君主的獨斷專行，胡作非為，起著很大限製作用的制度。明末馮元飆曾針對一些閣臣自稱只供票擬，不是宰相，以推卸責任的話，批駁說：「夫中外之責，孰大於票擬」（《明史》本傳）。這在一定意義上，是符合事實的。
第二，由於票擬是下達皇帝詔令的正常途徑，所以明代內閣限制皇帝濫下手詔、中旨的鬥爭，更加制度化。當時一般的做法是：各類文書全歸口於內閣票擬，疑難者由皇帝召閣臣一起商議決定；但必要時皇帝也可在禁中主動提出自己關於政事和用人的意見，通過手詔、中旨（或宦官傳口諭）下內閣票擬。對於這類手詔等，內閣可以奉行，也可以拒絕，全都合法。《明史》卷一八一《徐溥傳》：入內閣。孝宗弘治五年，「中旨」給一革職者復官，溥等言：陛下「即位以來，未嘗有內降（意即全都通過正常途徑由內閣票擬），幸門一開，末流安底，臣等不敢奉詔」。八年溥等又言：「數月以來，奉中旨處分，未當者封還，執奏至再至三，願陛下曲賜聽從……」。「奏入，帝嘉納焉」。同上卷一九○《楊廷和傳》：世宗以孝宗侄、武宗堂弟身份嗣位，欲崇親生父（興獻王朱佑杬，已死）為「皇」，群臣反對。帝召閣臣楊廷和等，「授以手敕，令尊父母為帝后」。廷和退而上奏說明理由後曰：「臣不敢阿諛順旨」。「仍封還手詔」。世宗堅持己見，「當是時，廷和先後封還御批者四，執奏幾三十疏。帝常忽忽有所恨」。廷和因乞退休。繼任者蔣冕、毛紀繼續不肯奉行旨意，毛紀且上言曰：「曩蒙聖諭：國家政事，商確（榷）可否，然後施行。此誠內閣職業也。臣愚不能仰副明命，邇者大禮之議（即崇興獻王事），平臺召對，司禮傳諭，不知其幾，似乎商確矣，而皆斷自聖心，不蒙允納，何可否之有」（同上卷一九○《毛紀傳》）。這是指斥世宗口頭上表示與內閣商量，實際上拒絕眾議，獨斷專行。
就在這僵持過程中，有一進士張璁上疏支持世宗，提出一套應尊崇興獻王為「皇」的理由與歷史根據，「帝方扼廷議，得璁疏，大喜曰『此論出，吾父子獲全矣』！亟下廷臣議」（同上卷一九六《張璁傳》）。後又有人支持璁議。以此為起點，經過討論和施高壓手段（給抗拒者廷杖等），世宗達到了目的。可是從此事也可看出，當張璁議奏上前，世宗雖是一個剛愎自用的人，卻不敢硬性貫徹個人意志，獨斷專行，原因就是他理由和根據不足，不知道自己的要求是否違反儒家經典、禮制、祖訓、故事，而這些正是內閣和大臣藉以限制皇帝獨斷專行的法寶。君主專制制度的歷史越長，這類法寶積累的也就越多。在尊崇興獻王這事上，如果沒有張璁等議，世宗光憑手中皇權，是很難勝利的。而且即便有了張璁等議，拒絕中旨的鬥爭此後差不多又延續了兩年多。這就足以說明，明代皇權受內閣、廷議的限制何等之大了。
也正因如此，在此之後，應信用內閣、而不應濫發中旨的意見，仍接連不斷，沒有一個皇帝在原則上加以拒絕。同上卷一九六《夏言傳》：世宗時上疏言：「今陛下維新庶政，請日視朝，後御文華殿，閱章疏，召閣臣面決；或事關大利害，則下廷臣集議。不宜謀及褻近，逕發中旨。聖意所予奪，亦必下內閣議而後行，絕壅蔽矯詐之弊」。「帝嘉納之」。所謂「聖意所予奪，亦必下內閣議而後行」，等於說皇帝的決定要經過內閣討論同意，方得實行。同上卷二四○《葉向高傳》：熹宗時復入閣，疏言「臣事皇祖（神宗）八年，章奏必發臣擬。即上意所欲行，亦遣中使傳諭。事有不可，臣力爭，皇祖多曲聽，不欲中出一旨。陛下……信任輔臣，然間有宣傳滋疑議，宜慎重綸音，凡事令臣等擬上」。「帝優旨報聞」。這條材料和上面夏言疏文精神完全一致，而是用事實證明了這一制度的存在。
當然，由於君主擁有至高無上權力，各個君主的性格並不相同，每屆內閣成員又各有特點，所以君主與內閣矛盾後，越過內閣，逕發中旨處理政務之事也不少。如同上卷一八一《李東陽傳》：武宗時在內閣，「帝欲調宣府軍三千入衛，而以京軍更番戍邊。東陽等力持不可，大臣臺諫，皆以為言。中官旁午（向內閣）索草敕，帝坐乾清宮門趣之，東陽等終不奉詔。明日，竟出內降行之」，即其一例。然而另一面從此例又可看出，處理政務的正規途徑應是通過內閣，所以才會發生中官旁午催促，武宗親自焦急督陣的情況，只是由於不得已，第二天才下內降，而東陽等拒絕中旨，安然無恙，也是合法之證明。《明會要》卷三十《職官二》：萬曆末，帝「遣內使至工部侍郎林如楚私寓宣敕旨，以奉御汪良德奏准修咸安宮也。輔臣言『明旨傳宣，定例必由內閣下科臣，然後發鈔。若不由內閣，不由科發，不經會極門（紫禁城南部通往內閣之門），不由接本官，突以二豎傳宣（中旨）於部臣之私寓，則從來未有之事。向來（如君主）建議諸臣，以旨從中出，猶且慮之，況臣等竟不與聞乎？』不省」。這就是說，不先經票擬的中旨只是皇帝個人意見，隨意性大，容易出錯（故「猶且慮之」），所以早已定例必下內閣，由內閣決定是否奉行。奉行，則通過六科給事中，依正常途徑下達；不奉行，大概便得封還中旨。不經內閣，皇帝逕下中旨傳宣部臣執行，則是違例的。由此可見，明代皇帝雖有時逕下中旨處理政務，似乎由他獨斷專行，實際上並不合乎慣例、制度，皇帝自己心理上大概也得承受很大負擔，怕成不了「明君」，所以明神宗對閣臣的抗議，只得以「不省」了之。反過來也就證明，一般情況下，必得受內閣的限制。
第三，和內閣相配合，還有六科給事中也在制度上直接起著限制皇權的作用。按給事中唐宋本屬門下省，金廢門下省，明初設六科（吏、戶、禮、兵、刑、工）給事中，成為獨立機構（清改隸都察院）。其重要權力之一就是：皇帝所下中旨，內閣未反對，草成敕詔；或內閣票擬，合皇帝心意，批准執行，都得再發至給事中處詳審。如以為有害整個統治利益，同樣可以封還詔書（《明史》卷七四《職官三》）。同上卷九《宣宗本紀》：「諭六科，凡中官傳旨，必覆奏始行。」 前面已講，覆奏約始於北魏、北齊之際，宣宗此諭實際上某種程度也是對君主自己專權的一種限制。《明會要》卷三七《職官九》：嘉靖年間，「都察院疏請差御史巡鹽，不下閣票擬，（中旨）批答稍誤，（逕下六科），戶科給事中黃臣諫曰：『我朝設立內閣，凡百章奏，先行票擬。今使內閣虛代言之職，中貴肆專擅之姦 。關係匪細，漸不可長。容臣封還原本，以重命令』。疏入，即加批如制」。同上卷二一五《駱問禮傳》：上疏穆宗，「言詔旨必由六科諸司，始得奉行，脫有未當，許封還執奏」。證明此制一直存在。這樣，除內閣外，便又多了一重對皇帝獨斷專行之限制。
通過以上三點，便可看到，在明代，表面上廢去宰相，君主獨斷專行更加厲害，實際上發展的結果是，君主行使權力時在制度上受到的限制比過去更大，想要獨斷專行的困難更多了。
必須指出，以上都是就集中了地主階級統治經驗的制度規定而言，實際上在執行中這些制度總要受到各種因素的影響而發生偏頗，甚至極大偏頗。就明代說，這種因素中最重要的一個便是皇帝往往不上朝。本來按祖制他們應該「無日不朝」，甚至一日再朝或早、午、晚三朝（參《大學衍義補》卷四五）。可是由於貪於逸樂，照辦的時候很少，如明神宗甚至二十年未上朝。皇帝逐漸對內閣票擬也懶於審批，而讓身旁宦官「批紅」，致使有時大權旁落。這是明代的一個秕政。但有些著作過於誇大了這一秕政，似乎明代內閣等制度全受宦官操縱，「內閣之擬票，不得不決於內監之批紅，而相權轉歸之寺人」（《明史》卷七二《職官志序》）。這基本上不符事實。因為內閣票擬從明成祖以後逐漸形成，貫穿於明亡前二百多年，從不間斷，而宦官之掌權，則要視皇帝是否委任而定，並非制度。如世宗在位四十多年，不但未曾委任，而且制馭甚嚴。同時即就批紅言，按規定只能遵照內閣「票（擬）來字樣，用硃筆楷書批之」，執筆者等於一個謄錄人，並不允許摻雜個人意見。這一情況，正好是前述皇帝意志受內閣限制的一個具體反映。只有少數幾個宦官，得到皇帝特殊寵信，對票擬之審批發生影響。可是其中能算上毫無顧忌，任意改動票擬，甚至另行票擬者，只有武宗時的劉瑾（由正德元年至五年）和熹宗時的魏忠賢（由天啟元年至七年），加在一起不過十二年。這和二百多年的內閣比時間很短，因而應該承認，整個明代在政治上起主要作用的是內閣等政治制度，是內閣的票擬，而宦官造成的偏頗，則是次要的。
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