根據外電報導，中國政府有意藉這次機會，重振共產黨政權形象，並短暫轉移外界對政治腐敗和社會問題的注意力。
神舟六號在臺灣時間上午九時由酒泉太空發射中心準時升空。為了展示對這趟太空任務的信心，中國政府打破軍方一向低調發展太空計畫的原則，讓國營的中央電視臺全程實況轉播。
在太空船升空後不久，任務管控小組就宣布，第一層推進器已經成功的脫離太空船，一切進度都照計畫進行。
兩名太空人，費俊龍和聶海勝在太空艙內的影像都出現在畫面上，費俊龍在飛往太空的途中表示，一切都很好。
這趟任務比起二零零三年的第一次太空任務時間要來得長且危險：上次只載一名太空人升空，整個任務時間是二十一小時半；這次兩名太空人將在太空中停留五天，並離開太空艙，進行軌道距離的長度測試。
神舟六號預計將繞行地球軌道八十次。
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