巨蟹座的馬英九極度保護家人，家庭生活一直保持低調，非常不希望政治入侵，也不讓家人涉入他的工作。日常的工作佔據了他太多的時間和精力，但父女情深，就是在短暫的訪美行程中，也要盡量抽時間看望、陪伴愛女。
父子關係「亦師亦友」
外表溫文儒雅的馬英九，感情豐富、學識過人，做事很有原則，這和他從小的家庭教育關連甚深。父親馬鶴凌既是馬英九的啟蒙者，也是仕途上的一面鏡子。馬英九形容父子關係「亦師亦友」，曾私下說，今天如有少許成就，都是父親言傳身教的結果。
還在馬英九少兒時代，馬鶴凌就要求兒子熟讀唐詩三百首、古文觀止、左傳、論語等經史百家，並寫得一手不輸給名家的漂亮毛筆字。
他眼中的父親，舉手投足儘是儒生風範，恪守中國傳統道德，卻非食古不化，對新思想、新事物仍是寬宏大度地接納。當連戰還有能力和意願擔任國民黨主席時，父親基於心裏那份傳統禮教思想，出來澆兒子一盆冷水，也就不足為怪。馬英九對此瞭然於胸，一句怨言也沒有。
馬英九不近黑金、不貪女色、不沾「台獨」，人稱「不沾鍋」，在臺灣政壇樹立起自身清廉的形象。馬鶴凌不止一次說，從兒子身上看到自己年輕時未能看到的希望，也深深期許兒子能完成自己未能完成的心願，做大事、報效黨國，而馬英九的傑出表現，讓他既欣慰，也感到驕傲。
家庭生活一直保持低調
馬英九三十出頭就在蔣經國身邊歷練，見識過宮廷的險惡，深諳潔身自愛的重要性。歷史經驗也告訴他，把家人扯入政治，不僅永無寧日，且常無好下場。
妻子周美青除了選舉時期幫他拉票，一直都謹守分際，閉口不談馬英九工作上的是與非。她很珍惜自己在財經專業的成就，不讓自己的專業形象減分。
他和一對女兒感情很好
馬英九和他的一對女兒感情很好。在擔任「法務部長」期間，馬雷厲風行查察賄選，雖然大快人心，也得罪權勢之人。儘管民調施政滿意度高達八成八，但仍被調離「法務部」，轉任「行政院」政務委員，令他感慨萬千。這時，大女兒馬唯中安慰他：「爸，想開點，其實你已很幸運了，在古代可能會被殺頭的。」
馬唯中中學畢業，選擇赴父親的母校哈佛大學深造，給了馬英九很大的安慰。小女兒馬元中赴美讀書，他因忙於市政而無暇送行，內心不安、深深自責。他曾慚愧地說，在女兒身上下的工夫，遠不如父親當年在自己身上下的工夫。
稍早前馬英九赴美訪問，在哈佛演講後，他便急著去與思念已久的女兒馬唯中見面，幕僚稱讚他演講很棒，他心不在焉地笑著說 ：「演講不重要，女兒最重要！」愛女心切，溢於言表。
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