流腦的腦膜炎雙球菌，也常常寄生在健康人的鼻咽部，這種人沒有疾病症狀，我們稱他為健康帶菌者。當人體抵抗能力低時，就會被傳染上。所以隔離切斷傳染源是預防「流腦」的關鍵。
腦膜炎雙球菌在一般環境中容易死亡，利用冷、熱、乾燥、陽光和普通毒劑的作用都可以起到效果。冬春季節應勤換衣被，經常開窗通風，在「流腦」流行期，不要帶孩子去公共場所玩耍，更不要帶孩子到發病的小孩家去串門，外出要帶口罩，這些都是切實可行的措施。
此外，每年進行一次預防接種，注射吸附流腦菌苗。幼兒園、學校等孩子比較集中的地方，可以用0．3％的夫喃西林或2－3％的黃鏈素溶液滴鼻、噴喉，每天2次，連用3天。中草藥用藿香、佩蘭、板藍根、蒲公英各9克煎服，都有一定的預防作用。一旦發現流腦病人要立即隔離治療。
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