接著，大會即開始討論雅加達宣言內容，馬英九代表臺北市民向其他會員城市致上最深的謝意，感謝協助臺北市取得後年主辦年會的優先權，強調北市會盡全力籌備。
北京的退席動作，引起東京都知事石原慎太郎的不悅，他說，如果北京不顧事前的協商，讓討論又回到原點，違背原先達成的共識，非常沒有意義。最後主席雅加達省長向北京表示，這已經是最後的決定，希望他們能理解，整個事件才拍板定案。
雅加達宣言除了載明明、後年的主辦城市外，包括共同防治傳染病流行、共同防止亞洲恐怖主義發生等都列入其中。
「亞洲主要城市網」發表雅加達宣言，列明臺北取得主辦後年年會的優先權，北京以退席抗議，臺北市長馬英九會後表示，北京千方百計、挖空心思排斥臺灣參與國際事務的機會，令人非常遺憾；北京一天到晚說他們是「和平崛起」，外界看到的卻是「蠻橫崛起」，對北京形象非常負面。
另據報導，臺北市爭取亞洲主要都市網年會遭到中國無理打壓，行政院對於中國以政治力蠻橫干預不涉及主權問題的城市交流活動深表遺憾，行政院全力支持臺北市舉辦亞洲都市網年會，並呼籲國人在面對中國無理打壓時應不分藍綠、團結一致對外。
對於北市取得二○○六年亞洲主要都市網年會的優先主辦權，行政院公開肯定臺北市政府與馬英九市長在爭取主辦過程中所做的努力。此外，對於東京都知事石原慎太郎等其他會員代表對臺灣的支持，行政院也代表政府表達感謝之意。
行政院發言人陳其邁指出，亞洲主要都市網（Asia Network of Major Cities,ANMC）會議，是亞洲主要都市間的聯誼性組織，由東亞十二個首都城市組成，成立宗旨在於促進城市之間的合作，並協商交流亞洲各都市間共同面臨的教育、交通、文化、經濟等問題，根本不涉及政治或主權問題，中國不分青紅皂白蠻橫干預無關政治的城市交流活動，行政院深表遺憾。
中國時報的特稿分析說，臺北在這場兩岸城市外交戰中，雖略居下風，但塞翁失馬焉知非福，臺北雖然沒有爭取到明年主辦權，但在其他十個會員國簽署保證下，取得後年的主辦優先權，臺北只是慢一年舉辦，獲得多數會員城市的友誼。
對馬英九而言，在這場城市外交戰上，力戰北京當局，對累積國內政治聲望應有積極且正面的幫助；再就明年北京主辦「亞洲主要城市網」大會，屆時馬英九勢必親自與會，由於現行法令規定，地方首長赴大陸須經行政院陸委會同意才可成行，先前高雄市長謝長廷大陸行遲遲無法成行，馬英九是否可在明年順利赴北京與會，政府態度又是如何？大陸是否同意馬英九赴北京，都是馬英九可以「發揮」的空間。
其次，北市取得後年的「亞洲主要城市網」主辦權，尚在馬英九最後一年的任期內，屆時經由亞洲主要城市首長與會，為他的兩屆任期做一個圓滿的結束。因此「亞洲主要城市網」大會昨日的最後結論，看似對臺北有些不公平，但後勢卻仍大有可為。
海峽兩岸主要城市臺北及北京，為爭取明年「亞洲主要城市網」大會的主辦權，經過一番角力後，十一月二十三日終於協商獲致原則性共識，以透過會員城市共同簽署雅加達宣言方式，明列北京主辦明年年會，臺北則有主辦後年年會的優先權，但北京代表強力反對臺北有優先權，經抗議無效，最後以退席表達不滿，並未參與宣言的簽署。
為確保臺北能夠順利取得後年「亞洲主要城市網」大會的主辦權，除北京以外的會員城市代表，也另外簽署一分共同信函，強調接受後年大會由臺北取得主辦的優先權，簽署城市不爭取主辦後年年會。
親自到雅加達與會的臺北市長馬英九說，臺北雖然在爭取明年主辦年會一事上失敗，但其他十個城市都已經表達不會在後年爭取承辦，臺北市一定盡全力籌備，讓臺北後年的年會圓滿成功。
