1956年，黃萬里在清華任教，提出《對黃河三門峽水庫現行規劃方法的意見》。
也許是冥冥之中一種機緣和巧合，黃萬里一生的命運都和與他同姓的那條不到萬里也有好幾千里的黃河息息相關。當年他「聽說黃河是最難治理的，便立志學水利治黃河」。1947年在甘肅水利局長任上，他已是黃河水利委員會委員。1950年8月，在北京召開的黃河水利委員會，黃萬里也參加了。此後為黃河治理、為三門峽大壩，黃萬里傾注了大量心血。解放後，飽受黃災之苦的中國人希望根治黃河水患，而人民政府也真心實意想治好黃河。可是，黃河該怎麼治，黃河的癥結在哪裡，長時期存在著分歧和偏頗。20世紀50年代，在「一邊倒」
方針的指導下，片面聽信蘇聯專家意見所作出的規劃和決策就造成了不少後遺症，而黃萬里也恰恰是因為反對這些錯誤意見和決斷而獲罪的。
早在1955年周恩來主持的關於黃河規劃的第一次討論會上，黃萬里就力排眾議，不同意蘇聯專家提出的規劃。當時許多專家對規劃交口稱讚，只有黃萬里發言反對。他當面對周恩來總理說：「你們說『聖人出，黃河清』，我說黃河不能清。黃河清，不是功，而是罪。」他說，黃河泥沙量全世界第一，但它造的陸地也是最大的。
1956年5月，黃萬里向黃河流域規劃委員會提出《對於黃河三門峽水庫現行規劃方法的意見》，發表於《中國水利》1957年雜誌第8期。《意見》指出：「四千年的治河經驗使得中國先賢千年以前就在世界上最早地歸納出了四種防洪方法：溝洫或攔河蓄水，堤工堵水，束水浚深治河，缺口疏水。另外，近四十年來，中外學者融合德國人治河的理論和經驗，又積累了不少新的知識。忽視這些知識，認為有了壩就可以解決下游防洪問題，是不妥當的。」
他說：「總之，『有壩萬事足，無泥一河清』的設計思想會造成歷史上嚴重的後果。壩的功用只不過是調節流率，從而替治河創造優良的條件，決不能認為有了壩就可以治好河。」 《意見》最後反覆強調：三門峽筑壩後，下游的洪水危害將移到上游，出庫清水將危害下游堤防。針對綜合規劃及三門峽筑壩已形成全國人大決議的難以挽回的現實，黃萬里特別提出了三門峽大壩一定要能刷沙出庫的建議，為日後泥沙大量淤積預作準備。
三門峽水利樞紐討論會是1957年6月10日至6月24日由水利部在京召開的，主要討論三門峽水庫的正常高水位和運用方式。
在討論會上，水利部副部長張含英介紹修建三門峽工程的建議。他說， 1954年，政府組織了包括蘇聯專家在內的黃河查勘團，從山東到甘肅進行了實地查勘，並和有關各省交換了意見。各省除對防洪提出迫切的要求外，對灌溉發電也提出很高的要求。經過查勘和研究比
較，認為三門峽庫比邙山庫要好。邙山水庫雖然投資較少，但只能解決防洪問題，同時壩基是細沙，修建高壩有很多困難。三門峽水庫投資雖然大些，但可盡量綜合利用黃河水利資源，對於泥沙的處理主要是施行水土保持，以減少泥沙來量，進庫泥沙則基本上攔蓄起來，以避免下游河道繼續淤高，並照顧到灌溉渠道不致淤塞。正常高水位決定為360米，初期運用定為350米。正常高水位由350米抬到360米，對陝西省影響最大。關於360米正常高水位，初期運用為350 米的問題，陝西雖曾表示同意，但不是沒有問題，所以以後陸續也還有人提出許多意見。
他根據各方面的意見，歸納為以下三個中心問題，供討論會參考：1.三門峽水庫的規劃是從綜合利用方面來考慮，還是以防洪為主或單純考慮防洪；2.如果採取綜合利用的方案，是否適當地降低發電量；3.基本上同意原設計方案，降低初期運用水位，適當地改變結構設計(如留底孔排沙等)。
在討論會上，攔洪蓄沙的高壩派、攔洪排沙的低壩派和只有黃萬里一人的「反上派」(反對上三門峽工程)，展開了激烈的爭論。
高壩派代表為三門峽水利工程局總工程師汪胡楨和工程師瀋崇剛等。他們再次把下游河道的形勢說得岌岌可危，說如果等著中上游水土保持(主要指在支流建壩攔沙)見效再建三門峽大壩，下游就可能改道，因此主張立即建三門峽大壩，攔洪蓄沙，讓清水出庫，並反對減少庫容，不減少庫容就是主張建360米大壩，在這個高度的庫容是647億立方，但可以分段蓄水。
低壩派以溫善章為代表，主張攔洪排沙。這派人明顯處於少數。他們希望保護耕地，減少庫容，降低蓄水線(335米或330米、320米)。
黃萬里與「主上派」對壘，孤身舌戰。黃萬里認為不能在這個淤積段上建壩，否則下游的水患將移至中游關中平原，而且他認為，河道裡的泥沙起上游切割、下游造陸的自然作用，建壩攔沙讓黃河清是違反自然規律的，是不現實的，何況清水出庫對下游河床也不利。
反上派黃萬里認為，「有壩萬事足，無泥一河清」的設計思想會造成歷史上嚴重的後果。關於水庫的運用，他說，最經濟的是在7月把庫水放到死水位，7∼9月全部有效庫量專為防洪用。7、8月份可以靠自然雨量來灌溉，用水庫預防這時的大旱是不值得的。最後他談到了建壩將破壞河沙自然運行，由於水庫上游邊緣附近的淤積，那裡的洪水位將抬高，可以想見，無須等到水庫淤滿，今日下游的洪水，他年也將在上游出現。現計畫把希望寄託在水土保持上，但是即使水土保持生效，清水仍在支流裡沖刷河床而變為渾水，最後仍將泥沙淤在水庫上游邊緣。同時在壩的下游，出庫的清水又使下游的防護發生困難。他說應該刷沙出庫，而不要故意在庫內做水土保持。坡面上的水土保持應該設法盡量保持在原地，而對已流入河槽的泥沙應該使它們繼續隨水流下去。那些故意要把泥沙留在庫內的設計思想是錯誤而有害的，在支流修攔沙壩是企圖改變客觀規律的措施，是不正確的。認識到河槽內泥沙向下運行是自然規律，就必然要研究刷沙出庫的方法。他建議在壩底留出容量相當大的泄水洞，以備日後沖沙之用。黃萬里發言說，三門峽以下的河道大家都不同意淤積，為什麼同意淤在三門峽以上呢？他認為水土保持即使完成100%，清水下來還是要帶沙(當然沙要少一些)，沙將淤在上游，慢慢地造成上游地區鬧水災。所以他認為，應該把泥沙一直排下去，除非真沒辦法排下去，也應該留下底孔，或用其他方法以後把沙排下去。
據黃萬里說，當時出席會議的專家「大多同意蘇聯專家的設計，只有筆者一人根本反對修此壩，並指出此壩修後將淤沒田地，造成城市慘狀。爭辯七天無效後筆者退而提出：若一定要修此壩，則建議勿堵塞六個排水洞，以便將來可以設閘排沙。此點全體同意通過。但施工時，蘇聯專家堅持按原設計把六個底孔都堵死了。」
70年代，這些底孔又以每個1000萬元的代價打開。四十多年後，曾參與三門峽工程技術工作的一位著名教授在《自述》中坦承，他「參加了導流廊道的封堵，造成水庫淤積，危及關中平原，必須重新打開導流廊道，增建沖沙泄洪隧洞，減少水電裝機容量，為此深感內疚，看來要堅持正確意見，還是很不容易的」。
時間毫不留情地驗證了一切。
1957年，三門峽水庫高壩派取得了勝利。按他們的方法，在黃河上游筑壩進行水土保持，在三門峽建高壩攔洪蓄沙。這樣搞了五十年後，今天的情況怎麼樣呢？水土保持日益惡化，下游河水已所剩無幾。從1972年黃河開始斷流，20世紀90年代已每年斷流平均100多天，1997年達222天。三門峽水庫建成後不到兩年，水庫淤積嚴重，渭河河口淤積4米多高，西安已面臨威脅。
時間也驗證了低壩派的觀點。由於陝西省反應強烈，1958年4月，周恩來曾主持召開三門峽水庫現場會。為了上保西安，將大壩定為按360米設計，350米施工，1960年蓄水，汛前水庫高程為335米，近期最高攔洪水位不超過333米。調整後，三門峽水庫的實際運用也沒達到溫善章主張的335米高程。
1964年6月，水電部在三門峽現場討論了工程改建方案問題。會議上匯報了人造洪峰期
間渭河下游的淤積情況，三門峽水庫淤積延伸的部位。1964年12月5日至18日，國務院在北京召開治黃會議，周總理於12月18日作了總結講話。他講：「這次會議是國務院召開的，討論三門峽樞紐改建問題，要下決心，要開始動工，不然泥沙問題更不好解決。當然，有了改建工程也不能解決全部問題，改建也是臨時性的，改建後，情況總會好一些。當前關鍵問題在泥沙，五年三門峽水庫就淤成這個樣子，如不改建，再過五年水庫淤滿後遇上洪水，無疑將會對關中平原有很大影響。關中平原不僅是農業基地，而且是工業基地，不能只顧下游不看中游，更不能說為了救下游，寧可淹關中。要有全局觀點。」
周恩來總理提出了兩個確保，即確保下游，確保西安。
應該指出：三門峽水利樞紐雖經兩次改建，潼關以上黃渭洛匯流區的淤積局面並沒有得到根本改變。從1960年至1995年，三門峽庫區沖淤累計總淤積量為 55.65億噸，其中潼關以上為45.45億噸，佔總淤積量的81.65%，潼關以下淤積量為10.21億噸，佔總淤積量的18.36%，說明潼關以下雖有沖刷而潼關以上淤積一直在發展，各河的淤積還在向上游延伸……潼關以上淤積最為嚴重的是匯流區，匯流區的嚴重淤積使黃河洪水倒灌渭河的概率增加，使渭河口河水倒流，往往造成渭河口的淤堵，形成嚴重的災害。黃河洪水對渭河的倒灌使渭河入黃口門不斷地向西倒……
渭南水患，移民困難，這個決策錯誤造成的仍在流血的傷口，什麼時候才能癒合呢？
王維洛的《前事不忘，後事之師──紀念黃河三門峽工程建成四十週年》寫道：「1957年4月，黃河三門峽水利樞紐工程正式開工。1960年9月，三門峽大壩建成，大壩下閘蓄水。工程總投資預算為13億元，而工程總結算時實際耗資達40億元。對於生活在2000年的中國人來說，這40億元並不是一個天文數字，而對當時的中國來說，這相當於四十座武漢長江大橋的造價。特別是從1959年以來，中國進入所謂的『三年自然災害時期』，經濟發展出現大倒退，一些農村出現餓死人現象。就是在這樣的情況下，三門峽工程跟原子彈試驗工程一樣，
得到中央政府財政上的特別優先保證。可以說，中國人勒緊了褲腰帶，直勒到奄奄一息的程度，來支持三門峽大壩的建設。建造三門峽大壩的水泥是從國外進口的，是用兩袋小麥換一袋水泥、一噸豬肉換一噸鋼筋換來的。如果把這40億元用來購買救災糧，至少可以獲得800億斤糧食，這些糧食足以挽救幾千萬中國人的生命。」後來三門峽大壩的改建究竟花了多少錢，從來沒有做過披露。三門峽水電站原定裝八臺13.75萬千瓦的發電機，裝機總容量為110萬千瓦，因蓄水位降低，又改成五臺5萬千瓦的機組，裝機總容量為25萬千瓦，只好把已裝上的電機拆卸下來，運到別處。現在三門峽水電站已再經改裝，裝機總容量為40萬千瓦，但一直未能達到設計的滿負荷運轉，從投資的角度講，談不上多大經濟效益。打開施工堵死的導流底孔的代價就是每個1000萬元(當時一斤白面的價格是0.18元)。更重要的是，大壩使上游泥沙淤積，洪災有增無減。2003年陝西三五年一遇的小洪水，其所造成的後果即相當於五十年一遇的洪災，全省有1080萬畝農作物受災，225萬畝絕收，受災人口515萬人，直接經濟損失82.9億元。如此之高的代價要是也能以「交學費」來輕巧自慰的話，那也該看看是不是從中真正學到了點什麼吧？
摘自《長河孤旅：黃萬里九十年人生滄桑》
