三峽工程上馬的當初，曾引來舉世的反對之聲。這樣一個耗資巨大的工程項目，被專家認為是嚴重的違背了自然規律。無論是從防洪效益，發電效益，航運效益，生態效益等各個方面衡量，三峽工程都存在著嚴重的弊端。Interfax.com網路新聞社近日報導說，在近些年三峽工程的建設過程中，一個個隱憂正逐漸成為現實。尤其是三峽壩區的建設給長江水資源帶來的污染，日已成為難解的憂患。
由於重慶以下沿江城鎮目前還沒有一座大型城市污水處理廠，重慶地區每年有四億噸的城市污水，僅有的三個廢水處理廠根本不能滿足處理污水的需要。上千萬人口的工農業和生活污水，90％以上直接排入長江及其支流；加之沿江城鎮淹沒線以下工業和生活垃圾堆存近2000萬噸，以及淹沒線以下城鎮中大量的墳墓、廁所和醫院污物堆存，還有原來的各類礦場及礦碴等等，這些已經成為長江水下的污染源，其中大量有害物質將被浸出並擴散到水體中。
水污染會帶來了一系列危及生態安全的問題：如威脅人體健康，威脅飲用水源水質，導致長江天然魚產量減產，影響水的景觀、娛樂功能等等。在中國第九屆全國人大常委會上，副委員長鄒家華在審議防治長江水污染的報告中指出，目前長江流域工業、城鎮生活用水量約六百億噸，主要取自岸邊，但城市岸邊已難以找到符合飲用水衛生標準的水源地，上海、重慶等城市已出現水質型缺水危機，不少城市被迫採用江心取水辦法以改善飲用水質量。據統計，目前長江干流沿岸共有取水口近五百個，都已不同程度地受到岸邊污染帶的影響，若都改從江心取水，需比原投資增加數十億元人民幣。
重慶大學的黃教授和一位全國人大代表也寄希望國家能夠制定相關的法律來防治長江的水污染。其中人大代表指出：「每天增加的垃圾已經變成長江健康的主要威脅之一，而且由於三峽大壩的使用，不只使水源受到污染，也對沿岸的水電設備構成威脅。」據他介紹重慶市政府計畫在當地再建設16個廢水處理廠，預計投資在38億人民幣。
三峽工程是中國最大的工程，靜態投資九百多億人民幣，動態投資最初預計要超過兩千五百億人民幣。有專家指出，三峽工程全部完工所需費用將遠遠不止這個數字。三峽工程在國際上被認為是最危險的工程，當初中國政府曾希望中外有人投資，但一個也沒有找到，至今仍是一個投資者 -- 中國政府。而每年近百億元的投資無疑最終都將轉嫁到每個老百姓身上。
