大出意料之外
2002年7月2日，原外經貿部於做出67號《行政復議決定書》，撤銷其下級北京市外經委准許北京二商集團更換合作股東的《批復》。2003年12月22日，北京市第二中級人民法院對北京市二商局狀告原國家外經貿部（現商務部）的行政訴訟案作出一審裁決：因「外經貿部所作《復議決定》認定事實不清，適用法律不當，程序存在瑕疵，」宣布「撤銷原中華人民共和國對外貿易經濟合作部二○○二年七月二日外經貿法函〔2002〕67號《行政復議決定書》」。
至此，一場以中央政府部門為被告，以北京市地方企業為原告的行政訴訟案件，以國家商務部敗訴、北京市二商局勝訴暫時告一段落。
據悉，這是商務部首次當被告，也是建國以來首起因中央政府部門糾正地方政府部門行政行為而成被告的案件，更是中央政府部門首次在地方部門的行政訴訟案中敗訴。
國家商務部的代理人、北京大學湛中樂教授認為，商務部這次是「光榮」的被告，扮演了「黑臉包公」的角色，這是監督、糾正本部門下級機關行政行為一個難得的實例。
因此，早在2002年9月10日此案第一次公開開庭審理時，當時在國家行政學院參加「省部級領導幹部依法行政培訓班」的200餘名省部級領導幹部和40餘家中外媒體記者特例參加了旁聽，凸現此案非同尋常。
據一位熟悉此案內情的人士透露，在此案審理過程中，國家商務部一直對自己能最終勝訴保持樂觀態度。因為這起行政訴訟案中涉及到的法律──《外商投資法》及《外商投資企業投資者股權變更的若干規定》和《中外投資合資經營企業合營各方出資規定》都是由商務部(原外經貿部)外資司負責具體制定的，外資司作為該法規的制定者對於法規的解釋理應受到法院的尊重並予以保護，而外資司認定，北京市對外經濟貿易委員會在2001年的行政批復違背了這兩個法規的「立法本意」。
但商務部卻被法院判敗訴了！這大大出乎商務部的預料。商務部的有關人士說，這太令人不可思念了，作為法律的制訂者，他們很想不通。湛中樂教授也認為，作為行政訴訟，法院應立足於審查行政機關的具體行政行為是否合法，而不是直接介入合同當事人之間的民事爭議中去。
案涉數億元股權糾紛
原來，此案的背後，是涉及數億元人民幣的股權變更糾紛──位於北京市亮馬河CBD地區一塊黃金地段開發項目的所有權問題。
1994 年9月19日，北京市食品工貿集團總公司(即二商集團的前身)、北京恆業房地產綜合開發經營公司(即現星河公司)與香港嘉利來（國際）集團有限公司簽訂《中外合作北京嘉利來置業有限公司合同書》，成立中外合資企業北京嘉利來置業有限公司，共同開發建設位於北京市朝陽區新源南路1-3號的北京嘉利來世貿中心項目。該項目一期投資總額為3000萬美元，註冊資金1200萬美元。按照合同規定，由北京食品工貿集團負責辦理開發項目場地條件及拆遷，由恆業公司負責辦理公司登記註冊、辦公條件、土地徵用和開工手續等，全部註冊資金及投資總額與註冊資金之間的差額則由香港嘉利來公司負責繳納及籌措。北京市食品工貿集團總公司、恆業公司、嘉利來公司分別擁有合作項目32％、8％和60％的權益。1995年1月4日，原北京市對外經濟貿易委員會(現北京市商務局)批准了合作經營「北京嘉利來房地產有限公司」的合同、章程。同年1月12日，北京市人民政府向合作公司頒發外經貿京作字〔1995〕002號《中華人民共和國臺港澳僑投資企業批准證書》。同年3月30日，國家工商局向合作公司頒發了企作京總副字第009997號《中華人民共和國企業法人營業執照》。
北京嘉利來世貿中心項目位於北京市著名的亮馬河涉外商圈的中心，地理位置極佳。項目總建築面積23萬平方米，擬建成集寫字樓、公寓、商場為一體的綜合大型建築，其前景十分看好。2000年，權威房地產評估機構評估項目當時的可成交價值逾人民幣10億元。
合作公司成立初期，世貿中心各開工項目如期進行，嘉利來公司開始了注資過程。1994年5月11日至1995年9月7日，嘉利來從廣東佛山匯通公司及佛山華強發展有限公司分14批共向合作公司匯入人民幣7270萬元。為此，北京華威會計師事務所出具了一份驗資報告，證明其中的6500萬元人民幣為註冊資金，餘下的為投資金。接著，嘉利來公司又以支付合作項目設計費、工程策劃費等形式出資共203萬美元。此後，嘉利來又以現金250萬美元投入合作公司。從 1994年至1995年，嘉利來分多次共出資1225萬美元，折合人民幣約1.1億元，用於合作公司規劃、報批、設計、拆遷補償等前期開發費用。後經香港嘉利來公司與韓國大宇公司談判，促使合作公司與韓國大宇公司於1996年9月23日簽訂了《貸款協議》，貸款總額為2.35億美元，其中施工前貸款 3500萬美元，施工貸款2億美元。由香港嘉利來公司以其在合作公司中的30%股權質押給韓國大宇公司為發放施工前貸款的擔保條件。1996年10月29 日，香港嘉利來公司和韓國大宇公司簽訂了《股權質押合同》。1996年11月8日，韓國大宇公司將施工前貸款3500萬美元匯入合作公司賬戶。
該項目工程啟動後，嘉利來公司1225萬美元的現金註冊資本及合作公司籌集的3500萬美元貸款很快用盡。由於亞洲金融危機爆發，合作方韓國大宇公司後續資金不能到位，合作項目於1997年11月停工。
此後，雖然合作三方就工程資金到位及復工問題進行多次磋商，但令人遺憾的是始終未形成解決方案。此間，從1995年至2000年，合作公司連續五次通過了北京市聯合年檢。
但2001年，北京嘉利來房地產有限公司出現了天大的變故！
2001 年8月23日，北京市工商行政管理局向嘉利來公司發出《限期出資通知書》，聲稱鑒於嘉利來應認繳的註冊資本出資不符合有關出資規定，要求其限期提交人民幣利潤再投資證明文件。如不能提供，須在30日內履行1200萬美元的出資義務。當年8月27日至29日，嘉利來公司提交的3份《驗資報告》，被相關單位分別以「約定的資金來源證明材料至今未提供」、「資金來源不清」、「入資款在境外直接支付」為由予以撤銷。2001年9月19日，北京市工商局又向嘉利來公司發函，說明《限期出資通知書》將於9月24日屆滿，若屆時不能提供人民幣利潤再投資證明或1200萬美元出資證明，將視同嘉利來公司不履行應認繳註冊資本出資義務。2001年9月25日、26日，二商集團兩次以《請示》的方式致函原北京市外經貿委（現商務局），稱該局未收到嘉利來公司的任何驗證材料，要求取消香港嘉利來公司的股東地位、並批准其單方尋找的新夥伴。9月27日，北京市外經貿委做出《關於北京嘉利來房地產有限責任公司更換合作方的批復》，該《批復》將合作公司的合作方變更為二商集團、安華公司和美邦公司，合作公司更名為北京美邦房地產有限公司。9月28日，北京市外經貿委向新合作公司核發新的《外商投資企業批准證書》。9月30日，北京市工商局便向已經更換了股東並已更名的合作企業頒發了新的營業執照。
至此，在短短的一個多月時間，因北京市外經貿委的一紙行政批復，北京嘉利來房地產有限公司一個擁有60股權的大股東──香港嘉利來公司竟然從合作公司中出局，6年來辛苦投入的 1億多元人民幣的資本金以及為合作公司籌措來的3500美元和因此而產生的高達4億元人民幣的增值股權化為烏有。
商務部出面，反成被告
事件發生後，香港嘉利來為維護自己的股東地位和權益，於2001年10月25日，向北京市外經委的上級主管部門──當時的中華人民共和國對外貿易經濟合作部提起行政復議，要求依法撤銷627號《批復》。
原外經貿部經審查認為，北京市外經貿委依據北京市工商局企監處的一紙手寫便函，就確定嘉利來公司「未履行出資義務」，過於草率和不嚴肅。《驗資報告》具有法律證明效力，其他單位撤銷已出具的《驗資報告》於法無據，北京市外經貿委不應採信。另外原外經貿部還認為，嘉利來公司的資金用罄後，有關部門採取行政手段取消其股東資格，對嘉利來公司不公平，違反行政法的信賴保護原則。同時，嘉利來公司作為外方，向合作公司出資的部分幣種不符合合同約定，違反了相關規定，屬於「履約瑕疵」，不應導致被取消股東資格的後果。因此，原外經貿部於2002年7月2日做出《行政復議決定書》，撤銷北京市外經委准許北京二商集團更換合作股東的《批復》。
但北京市外經貿委拒不執行原外經貿部的決定，而北京二商集團認為，外經貿部的行政復議書有「認定事實不清，使用法律不當」的問題，還於2002年7月19日向北京市第二中級人民法院提起行政訴訟，要求法院判決外經貿部撤銷行政復議。
至此，作為中央政府部門的外經貿部，因糾正地方政府部門行政行為而成被告！這是中華人民共和國建國以來的首例政府部門成被告。
此案於2002年9月27日最後一次開庭，法庭宣布庭審結束之後，因種種原因一直未宣布判決。
期間，2003年8月14日，國家商務部向原北京市外經貿委（現商務局）下發特急通知「商法函[2003]32號」《責令履行通知書》，明確要求原北京市外經貿委（現商務局）立即執行行政復議決定，立即下發恢復北京嘉利來房地產有限公司各合作方股東地位的書面通知，重新頒發批准證書，並於9月15日前將履行該行政復議決定結果書面報告國家商務部。
此後，因北京市商務局在向國家商務部做出11月15日前無條件執行行政復議決定的承諾後仍未執行，國家商務部於2003年12月12日再次向北京市商務局下發《再次責令履行通知書》，並要求其在12月25日前執行。
但在2003年12月22日，距離國家商務部《再次責令履行通知書》規定的最後期限3日前，北京市第二中級人民法院在經過一年多的審理之後，突然對北京二商集團有限公司訴訟中國商務部的行
