審計署的公告說，審計查明，截止7月31日，中央及地方各級有關部門共撥付防治非典專項資金140.93億元人民幣，在防治非典過程中，各地區、各部門按照國務院有關規定，採取有效措施，切實加強對防治非典專項資金和社會捐贈款物的管理。
公告還說，計畫、民政、財政、監察等部門加強了監督檢查，促進了規範管理和使用。但審計發現少數單位仍存在一些問題，主要是管理不夠規範：部分專項資金分配較為分散、結算不夠及時，有的地方和單位多頭接受捐贈款物或接受捐贈物資的手續不完備，部分捐贈款物入賬或上繳財政專戶不及時。
審計署公布的審計結果與之前中國內地媒體的報導存在極大的矛盾。據《21世紀經濟報導》引述財政部北京專員辦某官員的話說， 「北京市有的區縣財政擅自挪用專項資金，有的區縣財政出現專項資金至今還滯留在某個講不清道不明的環節，有的則存在報花賬、倒逼財政預算等違規行為。」
報導還說，6月10日起，財政部北京專員辦曾對此前非典疫情嚴重的東城區、西城區、海淀區、朝陽區、崇文區等區縣財政進行突擊檢查，調查中央防非典專項資金的使用情況。最後檢查結果出來後，財政部北京專員辦的官員們都表示「深感不安」。
有官員透露：某中央財政支出單位以購置防治非典專用設備為由，「高價」購置車輛、電腦，其中普通台式奔Ⅳ辦公電腦居然以每臺20000元列支；某單位賬面上專項列支資金購買的「封閉式廂車」被嶄新的桑塔納代替；某單位面對突查竟拿出大堆與防非典毫不相干的票據與專員「扯皮」；有的單位支不抵賬，轉而要求上級財政對其本年度預算進行調整。
類似的情況不僅發生在北京，內蒙古、河北、湖南等省都出現抗非資金被濫用的情況。據《21世紀經濟報導》報導，河北省一位元官員說，「非典期間，單位發了價值上千元的防護用品。」，而抗非資金嚴重不足的內蒙古也毫不落後，據一位被抽調在巴彥高勒火車站值班的機關工作人員說，該縣防治非典期間抽調了1200人，在醫院值班每人每天補助100元，一般值班人員每人每天40元，一線醫生每人每天300 元，護士每人每天100元。他們還統一配發了迷彩服和防護藥物。
亞洲時報在線也曾撰文質疑中國政府抗非資金被濫用的情況，據一位不願具名的人士透露，其所在的某省會城市的一個市級機關，累計無償發放的「抗非」物品有：毛巾10條，汰漬洗衣粉（2公斤裝）5包，上海產硫磺滅菌香皂10塊，舒膚佳香皂10塊，白貓洗潔精（大瓶）2瓶，口罩10個，金施爾康多元維生素5瓶，某品牌高鈣奶粉（454克裝）5包，板藍根沖劑10大包，某品牌消毒液（5公斤裝）兩瓶……還有其他一些小東西，瓶瓶罐罐的。
媒體披露的抗非資金被濫用的嚴重情況被國家審計署完全忽視，審計署的審計報告掩蓋了抗非資金被嚴重濫用的問題，只是揭露了一些存在的小問題，避重就輕，這樣的報告顯然是不能令公眾信服的？
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