蔣彥永在今年四月初致信媒體，揭開了北京中央衛生部掩蓋SARS真相，欺騙公眾，欺騙國際社會的事實，令"胡溫體制"採取斷然措施，糾正了抗疫的偏差，從而挽救了成千上萬人的生命。但他卻從此受到了不公正的對待。據《亞洲週刊》報導，蔣彥永從此被當局"內控"，雖然享受解放軍軍級生活待遇，但他不能隨便接受媒體的採訪，尤其是海外媒體的採訪。他一再表示，採訪必須要經過上級批准，"這不單是他個人的事，而且也是醫院的事和軍隊的事"。
據有關報導稱，中國大陸黨政當局不但沒有把他看作是抗擊SARS的英雄，反而認為他"違反組織紀律"，向他發出了警告，"給他記下了一筆帳，絕不允許他再向媒體發表什麼議論"。解放軍三零一總醫院個別"政治正確"人士，更對他這種"無組織，無紀律"不以為然，放出了蔣"被弄起來了"（北京政治術語，被關押之意）的風言風語。北京有些官員甚至媒體人士，瞭解中國的政治現實，對與蔣的接觸，都視為"敏感"地帶。
目前，蔣彥永雖然已經退休，但繼續被三零一醫院"返聘"。十二月十六日下午，他剛剛到醫院完成了一例手術，覺得很開心，他說每天都有事情忙，"很多事可以做"，希望多做點有益的事，多救幾個病人。
表面上，蔣彥永可以自由自在到醫院做手術，參與醫療活動，但他在政治上被"內控"卻是事實。北京有關部門一位官員證實，蔣彥永現階段不能接受媒體採訪，稱他"是一個敏感人物"。這位官員還把蔣彥永當初向媒體揭露北京國務院衛生部掩蓋"非典"真相一事作了這樣一個比喻：就像一位小學生逃學之後不去上課，但他卻在這段時間從河裡救了一個人，"你說他到底是犯了錯誤還是立了功"？
在中國大陸政治環境裡生活了一輩子的蔣彥永，當然知道自己目前的處境，他多次提醒欲採訪他的記者，要得到採訪批準基本上不可能。據稱，《亞洲週刊》根據有關採訪規定，曾透過正規的北京官方管道，希望採訪蔣，但得到的回覆是："蔣彥永去美國了。"其實，蔣彥永一直在北京，他說："我這些天一直都在北京啊，什麼地方都沒去。"之後，連續十多天，官方機構對採訪蔣彥永的查詢，開始以"對方沒人接電話"或"找不到人"推托。
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