對於如何處理因抗SARS不力而下臺的前衛生部長張文康，目前中國大陸有好幾種不同看法，有的人認為張文康之罪足以移送法辦，按刑法處死都不為過；有的人則指出張文康被黜只是中國官場棄車馬保將帥的一貫手法，張文康是依照慣例或上意處理SARS的消息發布，他不可能瞞報疫情；還有人則表示，當初中國科學院及衛生部的一部分專家，經研究發現衣原體是SARS病原，張文康信任他們的說法是很自然的，本來SARS就是一個新的病種，認識它總要有一個過程。
在各種看法紛陳的情況下，有兩個現象可能反映中共在總結SARS事件責任歸屬時的方向。一個是五月三十日，衛生部常務副部長高強在記者會上公開表示，他不認同張文康是因為瞞報疫情而被免職，高強還透露，他最近才和張文康見過面，討論了關於防疫工作的一些問題。第二個則是稍早的五月二十七日，兩岸防治SARS視訊會議上，當初力主SARS病原為衣原體之說的洪濤出席會議，而依據中共一向的作風，這代表洪濤並未受責。
這樣，情況就很明顯了，中共對SARS風暴責任歸屬問題的立場是：張文康是因為對SARS的嚴重性估計不足而被免職，但是他之所以會產生這種錯誤估計，則是由於有部分病毒學家提出衣原體之說所致。既然張文康沒有瞞報疫情的問題，當然也就不會法辦，案情將止於此，不會向上發展。
然而，衣原體之說究竟有何份量，能保護張文康或甚至成為中共政權脫逃抗SARS責任的護身符？這是因為衣原體是一種已經能被藥物克制的微生物，冠狀病毒則否。如果判斷SARS由衣原體而引發，則SARS不是什麼可怕的疾病就是很自然的推論，接下來各種防護缺失也就是可以解釋的。
回溯今年二月十八日新華社的報導，即可明白其中的微妙。報導說，中國疾病預防控制中心和廣東省疾病預防控制中心基本確定，引起廣東省非典型肺炎的病原是衣原體。衣原體是一種在真核細胞內寄生的原核微生物，所引起的肺炎採用針對性強的抗生素治療非常有效，該病也是完全可以預防的。直到四月初，中國疾控中心病毒預防控制所首席專家、中國工程院院士洪濤，還支持這項主要是根據他的研究主導的看法。四月四日，中國疾控中心主任李立明也公開表示，衣原體可能是SARS的病原。
不過在此之前，香港中文大學醫學院院長鐘尚志已於三月十八日深夜公布，SARS的元凶是一種副黏液病毒科的病毒；三月二十七日，香港大學醫學院院長林兆鑫則證實，SARS是由冠狀病毒引起。世界衛生組織更在四月十六日正式確認冠狀病毒的一個變種，是引起SARS的病原體。
然而，當衣原體之說在失去醫學地位的同時，其政治效用卻又暗中升起，成為SARS風暴中最弔詭的現象。如果說，北京當局是因為被衣原體之論而誤導，之後的慘重傷亡就是非戰之罪。那麼所幸的是，在二月份京派專家提出衣原體之說後，廣東方面的專家立刻就提出了質疑。當時廣東省絕大多數專家對衣原體說持保留意見，認為SARS是病毒性肺炎的可能性極大，因為衣原體肺炎一般呈散發性，但廣東的肺炎是局部性流行，同時衣原體肺炎死亡率不高，發病也不凶險，但SARS不同。有鑒於此，廣東的專家說，不能按照衣原體的結論來制定治療方案，否則可能造成可怕後果，他們表示，廣東將會按照既定預防治療方案行事。這樣問題就進一步明晰了，中共當局不論是衛生部或更高層的負責人，在SARS狂飆般襲來的時候，不是誤不誤信衣原體之說的問題，而是在衣原體和病毒說之間誤不誤判的問題，也就是有沒有足夠的智慧做出正確判斷的問題。如果僅僅二月份廣東就至少有八百人患病，如果僅僅一個月內廣東中山大學附屬二院有近百名醫護人員被感染，如果廣州軍區的醫院同樣被大面積傳染，而中共高層還不能看清事實真相，還要等到北京疫情緊張，國務院副總理吳儀在網球場上由友人親口反映才體認事態嚴重的話，那麼中共的官僚體系真的是病入膏肓。至於靠衣原體卸責，那就更罪無可恕了。
