布希「9．11」後簽署密令
恐怖襲擊發生的第二天，中情局局長特內特先生將他的部下召集到總部大樓的隔音會議室內，心情沈重地說：「我們沒能阻止這場可怕的襲擊，對我們來說，現在最重要的工作就是找到這個可惡的敵人－－一個禽獸不如的傢伙。」美國總統布希隨即簽署了一份保密令，授權中情局消滅「基地」組織高層領導人。
然而中情局此時的資源狀況根本無法勝任這個工作。冷戰過後，中情局對於美國國家事務的參與程度就一直在下降，政府預算也大幅削減。到90年代中期，中情局行動處的特工人數縮水25%，很多長期潛伏在海外的特工都被召回本土，負責招募間諜的官員也不像從前那樣活動頻繁，只偶爾才出國轉轉。每年中情局新招募的情報人員不過幾十個。
在歐洲，中情局已經停止招募為他們提供伊斯蘭極端組織信息的阿拉伯間諜。巴基斯坦原是中情局最大的海外基地之一，但此時潛伏在那裡的多數情報人員也因為蘇聯從阿富汗撤軍而回到了本國。
因此，當「9．11」恐怖襲擊發生時，中情局剩下的僱員不是快到退休年齡的「老頭子」，就是沒有任何實戰經驗的新手。
為反恐大舉招募人才
鑒於上述情況，2001年9月17日，中情局情報處負責人詹姆斯．帕維特通過總部的電視閉路系統宣布了改組方案，開始了中情局自1947年成立以來規模最大、速度最快的改組。
首先中情局成立了一個7人「反恐特別行動小組」，作為這次行動的總指揮，由實戰經驗豐富的前特工科弗．布萊克擔綱。嚴重縮水的工作隊伍是中情局當時面臨的最大問題，為此中情局從該局其他部門緊急抽調了數百名僱員加入這支反恐隊伍。一些久負盛名的退伍特工也受到老東家的邀請，同意回來助陣。此外，中情局還從退伍軍官中招募了許多優秀人才，組成一支准軍事行動小組，凡是去過阿富汗、掌握相關語言的軍官都被攬到了旗下。
隨後，中情局對這些新招募的人進行了突擊培訓，課程包括後勤、通訊等多項內容，當然最重要的還是讓他們明白這次的任務究竟是什麼。
為特種部隊打前陣
9月底，第一支經過培訓的中情局反恐特別行動小組就出發了。他們驅車從巴基斯坦進入阿富汗，在北方聯盟的後方班吉沙山谷紮營。不久，許多經驗豐富的退伍特工也加入了這個行列，他們迅速組建起多支情報小組潛入阿富汗內部和周邊國家，每個小組的負責人都通曉普什圖語或是達裡語(阿富汗的兩種主要語言)，小組中至少有一人懂武器使用和後勤學。第一階段總共有約100名特工在美國特種部隊之前進入阿富汗，為美軍提供情報、尋找安全的駐紮營地。同時他們還負責偵察塔利班和「基地」組織的位置，用武器和禮物向當地軍閥示好。
一開始，美國情報人員的出現令阿富汗北方聯盟深感不安，他們無法確定美國人這次究竟出於何種目的，於是美國特工安慰他們：「我們來這兒是為了消滅『基地』組織，幫助你們擊敗塔利班。」
北方聯盟內部的矛盾是令特工們最為頭疼的問題，為了讓這些軍閥團結起來對塔利班作戰，中情局必須在他們中間扶植起一個領袖。90年代末，中情局曾經大力栽培馬蘇德，每年向他資助5萬美元，但為了掩人耳目，這些錢都是通過英國人轉給北方聯盟的。可是就在「9．11」襲擊發生的三天前，馬蘇德突然遇刺身亡，中情局不得不重新培養另一位軍閥法希姆。
當美軍特種部隊10月中旬乘直升飛機抵達阿富汗時，中情局在短短半個月內已經同當地軍閥建立起關係，並為特種兵準備好了安全的營地和大量有價值的軍事情報。
「007」阿富汗建功
此時的中情局再也不是過去那個囊中羞澀的角色了，它的每個小分隊都擁有大量資金，用以收買軍閥和開展其他活動。最開始，中情局付給那些可以召集到士兵的軍閥的酬金是5000美元，後來這個數目變成了10萬。一位中情局官員透露：「我們同每一個可以聯繫到的軍閥接觸，後來(隨著酬金上漲)，他們開始主動聯繫我們。」幾個星期的時間內，中情局就召集起了一支3000多人的反塔部隊，為美軍衝鋒陷陣。
據統計，從反恐行動開始，中情局共派出了幾百名特工，花費高達數百萬美元，而這些特工為推翻塔利班也是不遺餘力。據說，帶領第一支特別行動小組進入阿富汗的老特工11月回到美國的家中時，體重整整輕了20磅。在阿富汗戰場上陣亡的第一個美國人也是中情局的特工。在這些「007」的幫助下，美國以摧枯拉朽之勢取得了軍事行動的勝利。
中情局所取得的上述成就，都得益於「9．11」後的這次突擊改組。情報人員的工作效率大幅提高，有人形容，他們在短短几個月內所取得的成果甚至比幾年來的總和還要多。
拉丹仍是中情局心病
但是在追蹤「基地」組織的行動中，中情局的工作卻進展得很不順利。早在「9．11」發生的五年前，中情局就盯上了本．拉丹，但由於當時資金和人員有限，他們除了跟蹤拉丹的衛星電話外並未採取更多實質性的行動。後來，這個方法被媒體曝光後，拉丹就不再用這個電話了。
另外，由於「基地」組織紀律性極強，即便是經驗豐富的老特工也很難滲透進去。自開展反恐行動以來，中情局在追蹤「基地」分子上只有兩個較大的收穫：一是其無人駕駛飛機追蹤到了拉丹頭號助手阿提夫的下落，幫助美軍除掉了一個心頭大患；再就是挖出了三號人物祖巴耶達赫的下落並將其抓獲。
據稱，由中情局資助的一個阿富汗情報機構目前正在同拉丹的一個兒子聯繫，希望他能夠提供父親的下落，但最起碼到現在為止，他還沒有背叛自己的父親。
